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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattattttgaaagcttgaatatatgtgctctcgattctcatagtttgtgtataccagcacatgtaactaatagtaaataaagttttaatcctactggcatttttcttctttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAGCCTACTCCAACACCTCAAATGGCATCAGTACCAGCACCTGCTCCCCCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g62640.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g62640.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G069916_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtattattttgaaagcttgaatatatgtgctctcgattctcatagtttgtgt-ataccagcacatgtaacta--atagtaaa--taaagttttaatcctactggcatttttctt-ctttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAGCCTACTCCAACACCTCAAATGGCATCAGTACCAGCACCTGCTCCCCCTG---
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gtattaattcaattttttgaaagagtatttttattcttatattgatttgtattgttccagcacaaattattataattgtagtgctttggttttgatgtggtaattgttttttctattttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAGCCTGCTC---CACCTCAAGTGGCAGCAGTTCCACCACCAGCTCCACCTGATG

upper sequence: LOC_Os03g62640.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G118014_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtattattttgaaagcttgaata-tatgtgctctcgattctcata---gtttgtgtataccagcacatgtaact--aatagta--aataaagttttaatcctactggcatttttctt-ctttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAGCCTACTCCAACACCTCAAATGGCATCAGTACCAGCACCTGCTCCCCCTG
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gtattaatttgattctttgagaagtatgttttttcatttcttatattgatcttattgttccagcacaaattattcaaattgtagtactttagttttgatttggtaattgtttttcctattttgctccagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAGCCTGCTCAACCTCCTCAAGTGGCGGCAGCGCCACCACCAGCTCCACCCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29623140|gb|CB628151.1|CB628151
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29623911|gb|CB628922.1|CB628922
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29661287|gb|CB657562.1|CB657562
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29630312|gb|CB635321.1|CB635321
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29624088|gb|CB629099.1|CB629099
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAA
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29681987|gb|CB678262.1|CB678262
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAT                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29672226|gb|CB668501.1|CB668501
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29679242|gb|CB675517.1|CB675517
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|88689613|gb|CI733189.1|CI733189
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCT
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCT
EST: gi|29627005|gb|CB632016.1|CB632016
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACGTGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTCACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29681845|gb|CB678120.1|CB678120
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29681724|gb|CB677999.1|CB677999
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29678406|gb|CB674681.1|CB674681
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29629756|gb|CB634765.1|CB634765
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29680593|gb|CB676868.1|CB676868
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29674493|gb|CB670768.1|CB670768
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29664072|gb|CB660347.1|CB660347
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29660244|gb|CB656519.1|CB656519
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29639321|gb|CB644330.1|CB644330
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29629579|gb|CB634588.1|CB634588
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29617712|gb|CB622724.1|CB622724
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29665628|gb|CB661903.1|CB661903
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|38480710|gb|CF964799.1|CF964799
EST:     TGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: TGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29629757|gb|CB634766.1|CB634766
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29674744|gb|CB671019.1|CB671019
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29678347|gb|CB674622.1|CB674622
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|29626366|gb|CB631377.1|CB631377
EST:     AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAG
EST: gi|88367212|gb|CI563976.1|CI563976
EST:     GACCATGGAAGTGGTGGAAGAAATTA-GATCTANNAGGGCTGACATGCAN                         GCTACCCTTCTGCTTGA
genomic: GACCATGGAAGTGGTGGAAGAA-TTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGA
EST: gi|29656040|gb|CB652315.1|CB652315
EST:     ACACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTACAAGGGCTGACATGCAG                         GCTACCCTTCTGCTTGATGCC
genomic: AGACCATGGAAGTGGTGGAAGAATTAAGATCTAAAAGGGCTGACATGCAGgtattatttt ... tttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taactaatagtaaataaagttttaatcctactggcatttttcttctttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAGCCTACTCCAACACCTCAAATGGCATCAGTACCAGCACCTGCTCCCCCTG
                                  catttttcttctttgt  CT-rich tract
     aatagtaaataaagtt  TA-rich tract