1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtttggttcactatgctattatctagtaagcataaaccacattttgtgtttttagttgtttgatagagcatgattctatggtggtagGTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g58330.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTAGATGAGATCCTTGATTATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAG GTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTEST: gi|29640715|gb|CB645724.1|CB645724
genomic: TGCTAGATGAGATCCTTGATTATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAGgtttggttca ... atggtggtagGTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTT
EST: TGCTAGATGAGATCCTTGATTATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAG GTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTEST: gi|86537612|gb|CI177818.1|CI177818
genomic: TGCTAGATGAGATCCTTGATTATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAGgtttggttca ... atggtggtagGTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTT
EST: TATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAG GTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTEST: gi|38468346|gb|CF952477.1|CF952477
genomic: TATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAGgtttggttca ... atggtggtagGTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTT
EST: TGCTAGATGAGATCCTTGATTATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAG GTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCGCAGCTGGTTEST: gi|87013426|gb|CI267127.1|CI267127
genomic: TGCTAGATGAGATCCTTGATTATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAGgtttggttca ... atggtggtagGTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTT
EST: TGCTAGATGAGATCCTTGATTATGTGGAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAG GTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTT
genomic: TGCTAGATGAGATCCTTGATTATGTGAAATTCCTGAGGCTGCAAGTAAAGgtttggttca ... atggtggtagGTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTT
taaaccacattttgtgtttttagttgtttgatagagcatgattctatggtggtagGTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG
gtttgat putative branch site (score: 14)
attttgtgttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttggttcactatgctattatctagtaagcataaaccacattttgtgtttttagttgtttgatagagcatgattctatggtggtagGTTTTAAGCATGAGCAGGCTGGGTGGCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT