Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaaataatcagtaattgactattttcttaaaacatatctatttttcaagaactataagttatcgaaagtgtaactacgggctaagattatgcatacctctcatgcagGGTTGGTGATATGCCTCTTCTGGAACATAATATGTGTCAGTGCTATTGCGATTATGTGGGGCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g38600.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g38600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G124938_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtacaaa--taatcagtaatt-gactattttcttaaaaca-tatct---atttttcaagaactataagt---tatcgaaag---tgtaactacgggctaagattatgcatacctctcatgcagGGTTGGTGATATGCCTCTTCTGGAACATAATATGTGTCAGTGCTATTGCGATTATGTGGGGCG
|||  ||  |||  | |  |   | || ||  |||||| | | ||    || ||| |  |  ||| | |   | || ||||   ||| ||||     ||   ||     | | | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||  |  |||||   |    |
gtatgaagctaagaaatgttccaattaattaattaaaaaactgtcctagatctttaagtatatattactgtctttcaaaagaattgtgactaatatatacttttgcaattccttatcttgcagGGTTGGTCATATGCCTCTTCTGGAACATTTTATGTGTAACTGCTGCTTGGATTACAGGAAATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tataagttatcgaaagtgtaactacgggctaagattatgcatacctctcatgcagGGTTGGTGATATGCCTCTTCTGGAACATAATATGTGTCAGTGCTATTGCGATTATGTGGGGCG
               gtgtaac  putative branch site (score: 3)
                                         tacctctc  putative PPT
                             taagattat  TA-rich tract