1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtactgcagaattgttgtggatgttgtgttatgttgtagcgctgcatgacactgcactcatttaatagtgctaactgctatctgactataattttttgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g14450.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTAEST: gi|58661980|gb|CK050660.1|CK050660
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|5701699|gb|AU063506.2|AU063506
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|13895987|gb|AU182323.1|AU182323
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|117233450|gb|CT848145.1|CT848145
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|88427267|gb|CI586815.1|CI586815
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTEST: gi|5607353|gb|AU076025.1|AU076025
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCT
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|27553945|gb|CA997845.1|CA997845
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|29678593|gb|CB674868.1|CB674868
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|88443516|gb|CI596983.1|CI596983
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCEST: gi|88300608|gb|CI587412.1|CI587412
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCC
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTAEST: gi|88393823|gb|CI621318.1|CI621318
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTAEST: gi|58600258|gb|CK010786.1|CK010786
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|4880550|gb|AU064849.1|AU064849
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAAG TTTGGTGCTAATGCTAATCCTGGNTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGEST: gi|88421393|gb|CI569238.1|CI569238
genomic: TCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAA-Ggtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTA-TCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCG
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGGCGGAEST: gi|88424448|gb|CI608034.1|CI608034
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCEST: gi|88424498|gb|CI608084.1|CI608084
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATC
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTEST: gi|27553947|gb|CA997847.1|CA997847
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCT
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|32947868|gb|BP184440.1|BP184440
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|58658595|gb|CK047275.1|CK047275
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCACGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAEST: gi|428929|gb|D25085.1|D25085
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG NTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTEST: gi|568321|gb|D39165.1|D39165
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCT
EST: GCAACTTGGATGGAACCCAAAAACGAGTTGGGCTTGGTGCAACGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTAATCCTGGEST: gi|88390958|gb|CI592866.1|CI592866
genomic: GCAACT-GGATGGAACC-AAAAACGAGTGGGGCT-GGTGCAA-GCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTA-TCCTGG
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTEST: gi|38565671|gb|CK085124.1|CK085124
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCT
EST: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAG CTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
genomic: TTCAGCAACTGGATGGAACCAAAAACGAGTGGGGCTGGTGCAAGCAAAAGgtactgcaga ... tgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGA
ctgcactcatttaatagtgctaactgctatctgactataattttttgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA
tttttt CT-rich tract
tgactataattttttg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactgcagaattgttgtggatgttgtgttatgttgtagcgctgcatgacactgcactcatttaatagtgctaactgctatctgactataattttttgaaattcagCTTGGTGCTAATGCTATCCTGGCTGTCTCACTTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA