1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaacactacatatcattattgcatttatcatatatgtaccgctttaacaacattggttattatcagggttgcatttatcatatatcttgtgctgatttcattatcagGGTTGCTTGGTCACACCAACATTATCAATTGGCTCAGTGCTCCTACAGCAAGCTGCTATCCAGGCCTCGTTCCACTACAACAACGTCGAGATAGTGGAAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g02690.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTAGATACAGTAACTGAGCTGTCAGCATTCTGCGAGAAGGCAAGCATG GGTTGCTTGGTCGCACCAACATTATCAATTGGCTCAGTGCTCCTACAGCAAEST: gi|29684781|gb|CB681056.1|CB681056
genomic: AGTTAGATACAGTAACTGAGCTGTCAGCATTCTGCGAGAAGGCAAGCATGgtaacactac ... tcattatcagGGTTGCTTGGTCACACCAACATTATCAATTGGCTCAGTGCTCCTACAGCAA
EST: AGTTAGATACAGTAACTGAGCTGTCAGCATTCTGCGAGAAGGCAAGCATG GGTTGCTTGGTCACACCAACATTATCAATTGGCTCAGTGCTCCTACAGCAA
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ttggttattatcagggttgcatttatcatatatcttgtgctgatttcattatcagGGTTGCTTGGTCACACCAACATTATCAATTGGCTCAGTGCTCCTACAGCAAGCTGCTATCCAGGCCTCGTTCCACTACAACAACGTCGAGATAGTGGAAT
tgctgat putative branch site (score: 10)
tttcatt CT-rich tract
atttatcatatatctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacactacatatcattattgcatttatcatatatgtaccgctttaacaacattggttattatcagggttgcatttatcatatatcttgtgctgatttcattatcagGGTTGCTTGGTCACACCAACATTATCAATTGGCTCAGTGCTCCTACAGCAAGCTGCTATCCAGGCCTCGTTCCACTACAACAACGTCGAGATAGTGGAAT
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA