Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggcatattttgttaattttacaattctcgtcttgtatggctttataaatcatatattctttatcattcttatgcatgcctgcttttcaccttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGTGCTTGACCGTCTGCTCTTTGGCTTGCATGCCATGAATGCTTTAAGACTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g54770.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88261918|gb|CI365494.1|CI365494
EST:     AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGTTGGCAGGTACCCCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
EST: gi|88298425|gb|CI561218.1|CI561218
EST:     AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
EST: gi|117221467|gb|CT859027.1|CT859027
EST:     AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
EST: gi|87024747|gb|CI261256.1|CI261256
EST:     AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
EST: gi|55441976|gb|CV734308.1|CV734308
EST:     AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
EST: gi|88207836|gb|CI207685.1|CI207685
EST:     AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
EST: gi|55441978|gb|CV734309.1|CV734309
EST:     AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
EST: gi|55411665|gb|CV724041.1|CV724041
EST:     AGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
EST: gi|11171411|gb|AU163776.1|AU163776
EST:     AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGG                         AAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT
genomic: AGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 11

CTCGTGATCGCTCTCCAAGGCGCCGCAGTGTTTCACCAGTTCGTGGGCGCAGCTACAGCAGGTCACCACGTGGCCGAGGTGGTTCTCCTTATGCTGATGGgtaaggcata ... ttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGTGCTTGACCGTCTGCTCTTTGGCTTGCATGCCATGAATGCTTTAAGACTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatcatatattctttatcattcttatgcatgcctgcttttcaccttttttccagAAGAGATGGTGGCAGGTACCGCCGTAGCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGTGCTTGACCGTCTGCTCTTTGGCTTGCATGCCATGAATGCTTTAAGACTG
                              tgcctgcttttcacct  CT-rich tract
     atatattctttatcat  TA-rich tract