Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagctccactttctctaagtacagtttgcttgcaacataaatccatagtaatagtcatagtttgctaacatgatctacgactgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGACTCATGTTGGACCAATCGACAATCTTTTGACACATCTTTCAGACCCGTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g52650.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g52650.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G103101_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtagctccactttctctaagtacagtttgcttgcaacataaatcc-atagtaa-tagtcatagt--ttgctaacatgatctacgactgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGACTCATGTTGGACCAATCGACAATCTTTTGACACATCTTTCAGACCCGTT
          || | || || ||| |||||  | || ||||| || | | ||| ||    |  |  ||  |  | |||| |   || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||| || |||||||  || || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
-----gtatgttccgctcagcacattttgcgagaaaaataaagcctacaataagtaagttttctaattaatggcgtgatttcttaccgtcacagGGAGGTTGGCAATGGTAGCCATGCTTGGCTTCATGGTGCAAGCATCCGTAACTCATGCCGGCCCCATCGACAATCTCTTGACACACCTTTCGGACCCGTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8859261|gb|AU096579.1|AU096579
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88517755|gb|CI445409.1|CI445409
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|313084028|gb|HO213811.1|HO213811
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|38475135|gb|CF959268.1|CF959268
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATAAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88988697|gb|CI039116.1|CI039116
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|33672023|gb|CF300262.1|CF300262
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|86859982|gb|CI321951.1|CI321951
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88508359|gb|CI435865.1|CI435865
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGGATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88847374|gb|CI011317.1|CI011317
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88511781|gb|CI439287.1|CI439287
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88475902|gb|CI413173.1|CI413173
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88486332|gb|CI423603.1|CI423603
EST:     AAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGGCGAAACTNAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: AAGGATATAGAGAATGCAGATGAA-GCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88282945|gb|CI404193.1|CI404193
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|86829630|gb|CI286799.1|CI286799
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|33673865|gb|CF302104.1|CF302104
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|86521070|gb|CI161276.1|CI161276
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|88471088|gb|CI408359.1|CI408359
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
EST: gi|33683440|gb|CF311679.1|CF311679
EST:     CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATG                         GGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA
genomic: CAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 54 (upstream exon), 69 (downstream exon)
Score: 15

CTACCCTGGGGGTCCACTGTTTAATCCACTAGGACTGGCCAAGGATATAGAGAATGCAGATGAAGCGAAACTGAAAGAAATCAAGAATGgtagctccac ... actgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGACTCATGTTGGACCAATCGACAATCTTTTGACACATCTTTCAGACCCGTT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acataaatccatagtaatagtcatagtttgctaacatgatctacgactgtcacagGGAGGTTGGCTATGGTTGCTATGCTTGGGTTTATTGTGCAAGCATCTGTGACTCATGTTGGACCAATCGACAATCTTTTGACACATCTTTCAGACCCGTT
                            tgctaac  putative branch site (score: 15)
          atagtaata  TA-rich tract