1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtttatatctacattcccttttcattttgtttctattgtatcgaataattatcaaaatgttctaaatcatttttacaatatcctagctatagcagcccttatactgttcagtgatattatttatttaactctgagcttttctgtgttgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATTTACATGCAATGGCCCAATCACCTGATGAACAGCTGGTGGTGGTATCAC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g50880.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCGGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAG TATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATEST: gi|58683820|gb|CK072507.1|CK072507
genomic: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAGgtttatatct ... tgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCAT
EST: TTGCTGGCTTTGTATCTGCTGCGGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAG TATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTEST: gi|29642428|gb|CB647435.1|CB647435
genomic: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAGgtttatatct ... tgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCT
EST: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAG TATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATEST: gi|29622435|gb|CB627446.1|CB627446
genomic: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAGgtttatatct ... tgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCAT
EST: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCGGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAG TATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATEST: gi|396941237|gb|HO188446.1|HO188446
genomic: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAGgtttatatct ... tgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCAT
EST: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCGGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAG TATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATEST: gi|58668496|gb|CK057182.1|CK057182
genomic: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAGgtttatatct ... tgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCAT
EST: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCGGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAG TATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATEST: gi|218496236|gb|FG947883.1|FG947883
genomic: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAGgtttatatct ... tgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCAT
EST: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCGGTTTCTGTGCCATATCTTAGATCCGAG TATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATEST: gi|58681016|gb|CK069703.1|CK069703
genomic: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAGgtttatatct ... tgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCAT
EST: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCGGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAG TATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCAT
genomic: TTGCTGGCTTTGTTTTTGCTGCAGTTTCTGTTCCATATCTTAGATCCGAGgtttatatct ... tgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCAT
tactgttcagtgatattatttatttaactctgagcttttctgtgttgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATTTACATGCAATGGCCCAATCACCTGATGAACAGCTGGTGGTGGTATCAC
atttaac putative branch site (score: 40)
ttcagtgatattattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttatatctacattcccttttcattttgtttctattgtatcgaataattatcaaaatgttctaaatcatttttacaatatcctagctatagcagcccttatactgttcagtgatattatttatttaactctgagcttttctgtgttgcttaccagTATGGAAAGGACTATGAATATGATGCACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATTTACATGCAATGGCCCAATCACCTGATGAACAGCTGGTGGTGGTATCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG