1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaactgatggatgtgtgtgtgttttttaaaagaaaatatacaaaccttctctaacattgcttctttttctctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGCCTATGATTGATCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g47600.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|163925750|gb|EG714586.1|EG714586
genomic: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: TGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|163926919|gb|EG715144.1|EG715144
genomic: TGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|58601442|gb|CK011970.1|CK011970
genomic: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTTGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|8404630|gb|AU091984.1|AU091984
genomic: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTTTGTGAGGNCGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|15852955|gb|BI805751.1|BI805751
genomic: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: CACTTTGTGAGGACGGTTGACCCCCAGTGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGG GAACAAGTTGTCCCGT-GATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCAEST: gi|33823829|gb|CF337721.1|CF337721
genomic: CACTTTGTGAGGACGG-TGA-CCCCA-TGGACGTCCTCGTCCTGATGCA-Ggtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCC-TGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCA
EST: CACACTTTGTGAGGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|58689221|gb|CK077908.1|CK077908
genomic: CACACTTTGTGAGG-ACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTTGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTNGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATEST: gi|163928605|gb|EG710890.1|EG710890
genomic: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCT-GGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCAT
EST: GAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|58688425|gb|CK077112.1|CK077112
genomic: GAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTTGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|58596788|gb|CK007316.1|CK007316
genomic: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GGACGTCCTTGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|58667772|gb|CK056458.1|CK056458
genomic: GGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTTGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|58676589|gb|CK065276.1|CK065276
genomic: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTTGTCCTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
genomic: GCACACTTTGTGAGGACGGTGACCCCATGGACGTCCTCGTCCTGATGCAGgtaactgatg ... ctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
ttaaaagaaaatatacaaaccttctctaacattgcttctttttctctcctgatagGAACAAGTTGTCCCTGGATGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGCCTATGATTGATCAG
ctctaac putative branch site (score: 105)
ccttctctaacattgc CT-rich tract
agaaaatatacaaa TA-rich tract