Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttttggtattgattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g10070.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
-----gtatgcttttggtattgattatttatggat--------tgtttctcaagggtgtccttta-ttgattggtctaaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
      ||| ||  |  ||||  ||   |||||||        || || || || |  |   |||  | ||      |||||| | |||  ||||  | || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||| || |||
gtataatatactgct--tattagttgcctatggatagttatgttgcttttctagagcatatattaactcatcatgtgaaaatccttaataatgttcctgca-gGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGACCCAGAGGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G063909_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatgcttttggtattgattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaat-cttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
||||  |     || || ||||  || |  | | | |  |  |  |  |   ||   | |  |||  | ||| |||  ||||  | || |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||  |  | ||||| || |||
gtataat----atactgcttatcaattgcctatatatgtatagctttgtcgcttttctaggataatgttcttgaataatgttcctgca-gGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATCATTGGAATGCTTTGGGAGACATCCCTAGTCGACCCAGAGGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtatgct---tttggtattgattatttatggattgtttctcaagg---gtgtcctttattgattggtct----aaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
||||| |   ||   |||  ||| | ||||||| ||||           |  | | || | | |  ||     ||| || | |||| ||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || || |||
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctcca-gGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G60100.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
----gtatgcttttggtatt---gattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
    | || ||  || ||||   |||||   |  |  | | |||        | ||    |   | || | | ||      |||| ||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||  | ||||||
gtacggattctaatgatatttgtgattacacaaaggctttatcttttaaacatactcgtatatatagttttacat-----gtggtatttgtg-aagGTACTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGATTACTCTGGGAAACCTCATTGCTTGATGCAGATGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G44350.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
----gtatgcttttggtattgattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatctta-aatggtgttt--atccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
      |   |  || | || |   ||| ||| |||||| |  | | | | |    |  ||||   |||    | | |||    |||  |   |||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
gtagaaacaatcatgattttcac-gtttttggtttgtttat--atgattttcaccttccattg-cataactcatcataatcccctttgaaataaagGTTATTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGATTGCTTTGGGAAACCTCATTGCTTGACCCGGAAGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0156g00180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
---------------gtatgcttttggtattgattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatcttaaatggtgtttat-----------ccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
               || |  || || | ||  | | ||    ||  |    |||      | | ||||     || |||  ||| |    ||  | |            | ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| 
gtaatgatagtctctgttta-ttctgatgtttgtaagtttacaatcttagagcaacacgtacatatattacagtgtgtaacctctcactgagttatcactgtcacaattgcaaagGTACTTGGTGGAATGAGAGGAATGACAGGGTTGCTGTGGGAAACCTCGTTGCTTGACCCAGATGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29614058|gb|CB619071.1|CB619071
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58693317|gb|CK082004.1|CK082004
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58658570|gb|CK047250.1|CK047250
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|88573691|gb|CI665460.1|CI665460
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58599089|gb|CK009617.1|CK009617
EST:     TTAAATCGGAGCATGG-GGGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|29667252|gb|CB663527.1|CB663527
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|88400849|gb|CI616854.1|CI616854
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58678175|gb|CK066862.1|CK066862
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58611144|gb|CK038856.1|CK038856
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|29614020|gb|CB619033.1|CB619033
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58695278|gb|CK083965.1|CK083965
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58690828|gb|CK079515.1|CK079515
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
                         gtctaaa  putative branch site (score: 3)
                                             tttatcc  putative PPT
                          tctaaaatcttaaat  TA-rich tract