Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttttggtattgattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g10070.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G064023_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
-----gtatgcttttggtattgattatttatggat--------tgtttctcaagggtgtccttta-ttgattggtctaaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
      ||| ||  |  ||||  ||   |||||||        || || || || |  |   |||  | ||      |||||| | |||  ||||  | || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||| || |||
gtataatatactgct--tattagttgcctatggatagttatgttgcttttctagagcatatattaactcatcatgtgaaaatccttaataatgttcctgca-gGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGACCCAGAGGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G063909_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatgcttttggtattgattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaat-cttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
||||  |     || || ||||  || |  | | | |  |  |  |  |   ||   | |  |||  | ||| |||  ||||  | || |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||  |  | ||||| || |||
gtataat----atactgcttatcaattgcctatatatgtatagctttgtcgcttttctaggataatgttcttgaataatgttcctgca-gGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATCATTGGAATGCTTTGGGAGACATCCCTAGTCGACCCAGAGGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtatgct---tttggtattgattatttatggattgtttctcaagg---gtgtcctttattgattggtct----aaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
||||| |   ||   |||  ||| | ||||||| ||||           |  | | || | | |  ||     ||| || | |||| ||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || || |||
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctcca-gGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G60100.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
----gtatgcttttggtatt---gattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
    | || ||  || ||||   |||||   |  |  | | |||        | ||    |   | || | | ||      |||| ||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||  | ||||||
gtacggattctaatgatatttgtgattacacaaaggctttatcttttaaacatactcgtatatatagttttacat-----gtggtatttgtg-aagGTACTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGATTACTCTGGGAAACCTCATTGCTTGATGCAGATGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G44350.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
----gtatgcttttggtattgattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatctta-aatggtgttt--atccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
      |   |  || | || |   ||| ||| |||||| |  | | | | |    |  ||||   |||    | | |||    |||  |   |||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
gtagaaacaatcatgattttcac-gtttttggtttgtttat--atgattttcaccttccattg-cataactcatcataatcccctttgaaataaagGTTATTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGATTGCTTTGGGAAACCTCATTGCTTGACCCGGAAGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0156g00180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
---------------gtatgcttttggtattgattatttatggattgtttctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatcttaaatggtgtttat-----------ccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
               || |  || || | ||  | | ||    ||  |    |||      | | ||||     || |||  ||| |    ||  | |            | ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| 
gtaatgatagtctctgttta-ttctgatgtttgtaagtttacaatcttagagcaacacgtacatatattacagtgtgtaacctctcactgagttatcactgtcacaattgcaaagGTACTTGGTGGAATGAGAGGAATGACAGGGTTGCTGTGGGAAACCTCGTTGCTTGACCCAGATGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58693317|gb|CK082004.1|CK082004
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58695278|gb|CK083965.1|CK083965
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|29614058|gb|CB619071.1|CB619071
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|29667252|gb|CB663527.1|CB663527
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|88573691|gb|CI665460.1|CI665460
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58658570|gb|CK047250.1|CK047250
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58599089|gb|CK009617.1|CK009617
EST:     TTAAATCGGAGCATGG-GGGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58611144|gb|CK038856.1|CK038856
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|29614020|gb|CB619033.1|CB619033
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|88400849|gb|CI616854.1|CI616854
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58690828|gb|CK079515.1|CK079515
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
EST: gi|58678175|gb|CK066862.1|CK066862
EST:     TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATG                         GTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG
genomic: TTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 66 (downstream exon)
Score: 28

GACCGCTTAAAGAAACTTAAATCGGAGCATGGAAAGGTCCAACTTGGAAATATAACAGTCGATATGgtatgctttt ... tttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctcaagggtgtcctttattgattggtctaaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG
                         gtctaaa  putative branch site (score: 28)
                                             tttatcc  putative PPT
                          tctaaaatcttaaat  TA-rich tract