1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatgtctgtaggacccaaacctcttcttttttttttttttgctcaactcattggttcaattgtgtatcatatgccagattgttgcatctgtgtatctgtcagattggtgcaattatgaatcatgttacaagctcatgtcttggtggcctttttaagttcattaatttcttatttcagCGCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCCAGGATTTTTCTTTTGCATATGGTATGCTGCGAAGAAGCATTGGCTAGCAAACAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g02530.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAAGAATGGAATGATAATGCCATCGTTTGGTGTGCTCCATTTTTCCACT CGCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCCAGGATEST: gi|58590779|gb|CF989087.1|CF989087
genomic: AAAAGAATGGAATGATAATGCCATCGTTTGGTGTGCTCCATTTTTCCACTgtatgtctgt ... cttatttcagCGCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCCAGGAT
EST: AAAAGAATGGAATGATAATGCCATCGTTTGGTGTGCTCCATTTTTCCACT CGCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCCEST: gi|701074|gb|D47365.1|D47365
genomic: AAAAGAATGGAATGATAATGCCATCGTTTGGTGTGCTCCATTTTTCCACTgtatgtctgt ... cttatttcagCGCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCC
EST: AAAGAATGGAATGATAATGCCATCGTTTTGGNGTGCTCCATTTTTCCACT TNGCTCTCAGTGGNGGTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCCAGGGEST: gi|701499|gb|D47790.1|D47790
genomic: AAAGAATGGAATGATAATGCCATCGTTT-GGTGTGCTCCATTTTTCCACTgtatgtctgt ... cttatttcagC-GCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCCAGG-
EST: AAAGAATGGAATAATAATGCCATCGTTTTGGTGTGCTCCATTTTTCCACT NGCTCTCAGTGGAGTTTACCA-GTCTCAAAGTTGTTGCATCAATCCCA
genomic: AAAGAATGGAATGATAATGCCATCGTTT-GGTGTGCTCCATTTTTCCACTgtatgtctgt ... cttatttcagCGCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAA-GTTGTTGCATCAATCCCA
tgttacaagctcatgtcttggtggcctttttaagttcattaatttcttatttcagCGCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCCAGGATTTTTCTTTTGCATATGGTATGCTGCGAAGAAGCATTGGCTAGCAAACAA
cattaat putative branch site (score: 36)
tttcttatttc CT-rich tract
tttttaagttcattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtctgtaggacccaaacctcttcttttttttttttttgctcaactcattggttcaattgtgtatcatatgccagattgttgcatctgtgtatctgtcagattggtgcaattatgaatcatgttacaagctcatgtcttggtggcctttttaagttcattaatttcttatttcagCGCTCTCAGTGGAGTTTACCAAGTCTCAAGTTGTTGCATCAATCCCAGGATTTTTCTTTTGCATATGGTATGCTGCGAAGAAGCATTGGCTAGCAAACAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC