Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgtggtgtaatctatgcattttttgtatggactatctatgtggcttgctgcttgctgataaattttcactatgcagCGATTGGGCATATTTCACATAGCAAAAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g72870.3
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27576528|gb|CA999222.1|CA999222
EST:     CTTTGTTGAAGAGCTCTATGAGAACCTCGGTGGGCAAGCATCTATTACAG                         CGATTGGGCATATTTCACATAGCAAAAAG
genomic: CTTTGTTGAAGAGCTCTATGAGAACCTCGGTGGGCAAGCATCTATTACAGgtaagtgtgg ... cactatgcagCGATTGGGCATATTTCACATAGCAAAAAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtatggactatctatgtggcttgctgcttgctgataaattttcactatgcagCGATTGGGCATATTTCACATAGCAAAAAG
                               tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                         ttttcact  putative PPT
                                    ataaattttcactat  TA-rich tract