Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcgttttgtgatcctgatctatcagttaactggttatggttgtgctgtgaaacaagtaaagaaaaatacaattggcctttgaatgcagCATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCCCAACTACAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCGATGATAACTGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g65450.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g65450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G114172_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaagcgttttgtgatcctgatctatcagttaactggttatggttgtgctgtgaaac-----aagtaaagaaa-------aatacaattggcctttgaatgcagCATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCCCAACTACAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCGATGATAACTGTG
|||||| |||||  | ||| ||||||||| ||| || ||||| || || |  || |      | | |||| |        |||||| |||  | ||| |||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
gtaagc-ttttggcaccctcatctatcagctaattgtttatgattctgattcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCTGACTTCAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCTATGATAACTGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86495698|gb|CI138331.1|CI138331
EST:     TATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         CATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCC
genomic: TATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcgttt ... ttgaatgcagCATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCC
EST: gi|86495747|gb|CI138380.1|CI138380
EST:     TGATATGGTCAGCAACTAG                         CATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCC
genomic: TGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcgttt ... ttgaatgcagCATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCC
EST: gi|29676776|gb|CB673051.1|CB673051
EST:     CTCTCTGCTGCATATTCAGAATATGATATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         CATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCC
genomic: CTCTCTGCTGCATATTCAGAATATGATATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcgttt ... ttgaatgcagCATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCC
EST: gi|29685722|gb|CB681997.1|CB681997
EST:     CTCTCTGCTGCATATTCAGAATATGATATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         CATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCC
genomic: CTCTCTGCTGCATATTCAGAATATGATATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagcgttt ... ttgaatgcagCATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatggttgtgctgtgaaacaagtaaagaaaaatacaattggcctttgaatgcagCATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCCCAACTACAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCGATGATAACTGTG
                                          ccttt  CT-rich tract
                       taaagaaaaatacaat  TA-rich tract