Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtaaaaaatataagataccgtatgtgcattctgatgatatcatgcttactgttgtaatgttattctttgcgttcatcaatgcattgcagAGAGTTCGATGAAAATCTATTGAGAAAAGTGTTTGAACTAATGTATGAAAATGAGTTGCTAGATCTTCCATATGCTCCTGATGTTGGTGACTACTTAGTC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g63820.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g63820.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G019274_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gttggtaaaaaatataagataccgtatgtgcattctgatgatatcatgcttactgttgtaatgttattctttgcgttcatcaatgcattgcagAGAGTTCGATGAAAATCTATTGAGAAAAGTGTTTGAACTAATGTATGAAAATGAGTTGCTAGATCTTCCATATGCTCCTGATGTTGGTGACTACTTAGTC
    |||||   | |   ||    | | || ||| | || ||||  |   ||||  |    |  ||  |      ||  ||  |   ||||| |||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||   |||||||||| |||  | |||||  |||||||||                       
----gtaaatg-tgtgttatgaaatttatgtattttaattatatattttgtacttcttcggtactagAC---ATATTTTTCTTTTTCTTGCAAAGAGTTTGATGAGAATCTACTGAGGAAAGTGTTTGAACTATACTATGAAAATGGGTTATTGGATCTATCATATGCTC-----------------------

upper sequence: LOC_Os01g63820.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G039650_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gttggtaaaaaatataagataccgtatgtgcattctgatgatatcatgcttactgttgtaatgttattctttgcgttcatcaatgcattgcagAGAGTTCGATGAAAATCTATTGAGAAAAGTGTTTGAACTAATGTATGAAAATGAGTTGCTAGATCTTCCATATGCTCCTGATGTTGGTGACTACTTAGTC
|||||||||   | |   ||    | | || ||| | || ||||  | ||||||  |  |||  |   | |   |||  ||  |   |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||   |||||||||| |||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
gttggtaaatg-tgtgttatgaaatttttgtatttttattatatatttcttacttcttcaatactgggcct---gtttttctttttcttgcagAGAGTTTGATGAGAATCTATTGAGGAAAGTGTTCGAACTATACTATGAAAATGGGTTATTGGATCTTCCATATGCTCCAGATGTTGGTGACTATTTAGTC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatatcatgcttactgttgtaatgttattctttgcgttcatcaatgcattgcagAGAGTTCGATGAAAATCTATTGAGAAAAGTGTTTGAACTAATGTATGAAAATGAGTTGCTAGATCTTCCATATGCTCCTGATGTTGGTGACTACTTAGTC
        tgcttac  putative branch site (score: 2)
                    taatgttattcttt  TA-rich tract