Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60190.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG
                                                 | | |||     | |   | || |||   |  |  |||||| | |   || ||         ||| |    || ||   || |   |||         |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| | || || |||||||| || ||||
------------------------------------------------gtgaatgttt--cttgtcgtattcaagc-atcagtgttcattgtctagcaacttggc------ttacagttttgttgtgtttaataccttc--------cagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G146778_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG
                                                 | | |||     | |   | || |||   |  |  |||||| | |   |  ||         ||| |    || ||   || |   |||         |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| | || || |||||||| || ||||
------------------------------------------------gtgaatgttt--cttgtcgtattcaagc-atcagtgttcattgtctagcatcttggc------ttacagttttgttgtgtttaataccttc--------cagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG
                                                             |    | ||||      |      ||| | ||     | |   |  ||  ||   |    | |  | |||     |||| |     |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| | || || |||||||| || ||||
------------------------------------------------------------gtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgttc----actgtctggcaccttggcttacagttttattttg---tttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G053420_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG---------------------------------------
                                                 | | |||     | |   | || |||   || |  |||||| | |   |  ||         ||| |    || ||   || |   |||          ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| | || || |||||||| || ||||                                       
------------------------------------------------gtgaatgttt--cttgtcgtattcaagc-attagtgttcattgtctagcatcttggc------ttacagttttgttgtgtttaataccttc--------tagaatgactgggatgtggttaaacgtggctgggatgcttagGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAGCACAGCCCAAGGCTAATGATCAATACTTGCCCCCATTTG

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG
                                        ||| | |   || ||   | |    |  ||| ||  | |   || |  ||||||  |    || |   || | | || ||       ||||   ||  || |||  ||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| || || || ||   ||||||  | ||||| || || |  || || |
----------------------------------------tttgacaaagaaatgcaaaaaa-attgctttaaaaatttgaaatgtttttattta-gtgcatatttctatttaagattcact-----gttt---tcaaaacaatctacagAATGACTGGAATGTTGTGAAACGAGGGTGGGATGCTCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTTATAAGTTTACAAATGCTCTTGAAGCTGTCAAGAAGCTGAGGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87022629|gb|CI293519.1|CI293519
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58694638|gb|CK083325.1|CK083325
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58693447|gb|CK082134.1|CK082134
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58690401|gb|CK079088.1|CK079088
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58687704|gb|CK076391.1|CK076391
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGT
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGT
EST: gi|29616024|gb|CB621036.1|CB621036
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|29614142|gb|CB619155.1|CB619155
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAACGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCC
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCC
EST: gi|2309704|gb|C25859.1|C25859
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATNACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|29687802|gb|CB684077.1|CB684077
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|29636841|gb|CB641850.1|CB641850
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58677212|gb|CK065899.1|CK065899
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58674042|gb|CK062728.1|CK062728
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58695777|gb|CK084464.1|CK084464
EST:     ATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGA-CGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: ATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|38473067|gb|CF957199.1|CF957199
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|33794552|gb|CF323163.1|CF323163
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|29679426|gb|CB675701.1|CB675701
EST:     GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
EST: gi|58690635|gb|CK079322.1|CK079322
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA
genomic: GGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatctt ... aaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG
      taataac  putative branch site (score: 1)
     ttaataacatgttata  TA-rich tract