1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gttggtcttggtacattctatattttgtttgacttggtgcacagtagctgcaatttaagttctgcaaatttggatgaacctatttgttgccagactgacagcacttaatgcacaattgcattcctttttctgtaacttttgctgaacaatacgataatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGTTTTGCTTGGGTTATTGTGGGACTAAATGAACTGCTACGGATGAGGGTTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g53060.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAG GGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGTEST: gi|38477210|gb|CF961343.1|CF961343
genomic: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAGgttggtcttg ... aatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGT
EST: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAG GGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGTEST: gi|88250040|gb|CI249889.1|CI249889
genomic: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAGgttggtcttg ... aatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGT
EST: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAG GGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGTEST: gi|88956940|gb|CI009142.1|CI009142
genomic: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAGgttggtcttg ... aatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGT
EST: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAG GGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGTEST: gi|88442514|gb|CI544081.1|CI544081
genomic: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAGgttggtcttg ... aatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGT
EST: GCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAG GGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGTEST: gi|25806625|gb|CA762586.1|CA762586
genomic: GCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAGgttggtcttg ... aatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGT
EST: TTCTACCTGTCACCCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAG GGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGTEST: gi|88233529|gb|CI233378.1|CI233378
genomic: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAGgttggtcttg ... aatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGT
EST: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAG GGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGT
genomic: TTCTACCTGTCAACCACTATGAGCAAGTGAAACCTCTAGTATACCTTCAGgttggtcttg ... aatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGT
cacaattgcattcctttttctgtaacttttgctgaacaatacgataatgttgtagGGCATGTACAAGCCTCATTTGTCATGATACATGTGGTTCCGTAGCAAATGTTTTGCTTGGGTTATTGTGGGACTAAATGAACTGCTACGGATGAGGGTTT
ctgtaac putative branch site (score: 3)
taactttt TA-rich tract