1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...actattaatttcacatacattataaaaaaactgaggtatgcattggatcaaaaattcccttttataatgttttcttacattttgtgaaatatgattgcagCCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGACTTGCATTTGAAGTGTCGGAAACAGAGGTTGCTCGTGCTCGTAATCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g51390.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACACTAACTACCGAGATACAGGATTGTTTGGCATCTGCACTATTGCTCAG CCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAEST: gi|8527222|gb|AU092037.1|AU092037
genomic: ACACTAACTACCGAGATACAGGATTGTTTGGCATCTGCACTATTGCTCAGgtaaatttgg ... atgattgcagCCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAA
EST: CTGCACTATTGCTCCAN CCGGATTCCTTATATGNCCTATCCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGNAEST: gi|396941466|gb|HO188675.1|HO188675
genomic: CTGCACTATTGCT-CAGgtaaatttgg ... atgattgcagCCGGATTCCCTATATGACCTAT-CACAGTTAATAATGCAAGAATTTAG-A
EST: ACACTAACTACCGAGATACAGGATTGTTTGGCATCTGCACTATTGCTCAG CCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGAEST: gi|33687242|gb|CF315481.1|CF315481
genomic: ACACTAACTACCGAGATACAGGATTGTTTGGCATCTGCACTATTGCTCAGgtaaatttgg ... atgattgcagCCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGA
EST: CTACCGAGATACAGGATTGTTTGGCATCTGCACTATTGCTCAG CCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGAEST: gi|117220685|gb|CT852401.1|CT852401
genomic: CTACCGAGATACAGGATTGTTTGGCATCTGCACTATTGCTCAGgtaaatttgg ... atgattgcagCCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGA
EST: ACACTAACTACCGAGATACAGGATTGTTTGGCATCTGCACTATTGCTCAG CCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGA
genomic: ACACTAACTACCGAGATACAGGATTGTTTGGCATCTGCACTATTGCTCAGgtaaatttgg ... atgattgcagCCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGA
gatcaaaaattcccttttataatgttttcttacattttgtgaaatatgattgcagCCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGACTTGCATTTGAAGTGTCGGAAACAGAGGTTGCTCGTGCTCGTAATCAG
ttcttac putative branch site (score: 33)
ttttataatgttttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actattaatttcacatacattataaaaaaactgaggtatgcattggatcaaaaattcccttttataatgttttcttacattttgtgaaatatgattgcagCCGGATTCCCTATATGACCTATCACAGTTAATAATGCAAGAATTTAGAAGACTTGCATTTGAAGTGTCGGAAACAGAGGTTGCTCGTGCTCGTAATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - -catacat
- - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatcaaa