1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tacgtgtttatgttcctcccctgattctgttaaacttatcagtcatgttttccgtaaaatgtatatactcagtcaatgacatggcaattttgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTCCGCCGCTTTGGATCTGTCAAGCACAGTGGTTTTGGTTTGGGTTTTGAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g27520.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTCGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|88503370|gb|CI430876.1|CI430876
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|87020011|gb|CI299409.1|CI299409
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|58689667|gb|CK078354.1|CK078354
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TCTGGACCTTCTCAATACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|88265509|gb|CI376411.1|CI376411
genomic: TCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TCTGGACCTTTGTCAAAACAA- GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAAT-GTACTTGGACCTEST: gi|88515783|gb|CI443437.1|CI443437
genomic: TCTGGACC-TTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACNTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATNGTACTTGGACCTEST: gi|89198769|gb|CI003506.1|CI003506
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGCACTTGGACCTEST: gi|86873369|gb|CI341594.1|CI341594
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGGTTGGT-GAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GAAACAAGACCCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAAT-GTACTTGGACCTEST: gi|88452819|gb|CI532451.1|CI532451
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|58655720|gb|CK044400.1|CK044400
genomic: TTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: GGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|88250420|gb|CI348650.1|CI348650
genomic: GGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: GGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTEST: gi|58688377|gb|CK077064.1|CK077064
genomic: GGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
tgttttccgtaaaatgtatatactcagtcaatgacatggcaattttgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTCCGCCGCTTTGGATCTGTCAAGCACAGTGGTTTTGGTTTGGGTTTTGAA
ttttgcttc CT-rich tract
taaaatgtatatact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tacgtgtttatgttcctcccctgattctgttaaacttatcagtcatgttttccgtaaaatgtatatactcagtcaatgacatggcaattttgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTCCGCCGCTTTGGATCTGTCAAGCACAGTGGTTTTGGTTTGGGTTTTGAA
- - - -ttatgtt
- - - - - - - - tcccctg
- - - - - - - - - - - - ttctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgacatg