Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tacgtgtttatgttcctcccctgattctgttaaacttatcagtcatgttttccgtaaaatgtatatactcagtcaatgacatggcaattttgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTCCGCCGCTTTGGATCTGTCAAGCACAGTGGTTTTGGTTTGGGTTTTGAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g27520.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
-tacgtgtttatgttcctcccctgattctgttaaacttatcagtcatgttttccgtaaaatgtatatactcagtcaatgacatggcaattttgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTCCGCCGCTTTGGATCTGTCAAGCACAGTGGTTTTGGTTTGGGTTTTGAA
 ||      | |   | || |||    ||   |  |  |       ||   ||    | || |   |   ||||  || ||||| ||| ||| |||  ||||||||  || || ||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
ttatcaacatgtagccatcgcctacacctac-atgccaagacacggtggaatctagcatattttacttggcagttgataacatgacaaatttacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTCCGTCGCTTTGGATCTGTAAAGCACAGTGGTTTTGGGTTGGGTTTTGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88836360|gb|CI078257.1|CI078257
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTCGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88503370|gb|CI430876.1|CI430876
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|87020011|gb|CI299409.1|CI299409
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|66912938|gb|CX099786.1|CX099786
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|58689667|gb|CK078354.1|CK078354
EST:     TCTGGACCTTCTCAATACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|58683506|gb|CK072193.1|CK072193
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACATGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|29630322|gb|CB635331.1|CB635331
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|29620154|gb|CB625166.1|CB625166
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88265509|gb|CI376411.1|CI376411
EST:     TCTGGACCTTTGTCAAAACAA-                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAAT-GTACTTGGACCT
genomic: TCTGGACC-TTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88515783|gb|CI443437.1|CI443437
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACNTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATNGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5003638|gb|AU068787.1|AU068787
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|89198769|gb|CI003506.1|CI003506
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGCACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|86873369|gb|CI341594.1|CI341594
EST:     TTGGTTGGT-GAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GAAACAAGACCCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAAT-GTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88452819|gb|CI532451.1|CI532451
EST:     TTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|58655720|gb|CK044400.1|CK044400
EST:     GGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: GGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|88250420|gb|CI348650.1|CI348650
EST:     GGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: GGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|29614514|gb|CB619527.1|CB619527
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|58688377|gb|CK077064.1|CK077064
EST:     TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAG                         GATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGGTTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGTCTGGACCTTCTCAAAACAAGgtatgcgatg ... tgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttttccgtaaaatgtatatactcagtcaatgacatggcaattttgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTCCGCCGCTTTGGATCTGTCAAGCACAGTGGTTTTGGTTTGGGTTTTGAA
                                          ttttgcttc  CT-rich tract
         taaaatgtatatact  TA-rich tract