Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttggtgattgcacatagacctatgtttttgtctttgcttttttgtagagaaaatgctccttggtttcttgctaagctgcttgtgttatctcaacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAGTATGATCACCCAATGGGCACGCTTGGCTACAGTCCGT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g15460.3
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g15460.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G086994_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-ttggtgattgcacatagacctatgtttttgtctttgcttttttgtagagaaaatgctccttggtttcttgct-aagctgcttgtgttatctcaact-tgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAGTATGATCACCCAATGGGCACGCTTGGCTACAGTCCGT
       ||||  | |   | | |   ||    ||||  |||||| | | ||||       | |||| || || || ||   | |||||||| || | | ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| | |
aagaaaaattgtgc-tgatcatgtagattctaatttg--tttttgaaaaaaaaaactcttgtagtttattactcaatcttactatgttatctaaaatgtacagGGTGCTCAGCCTTGCACGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAATTGCATGCAAATATGATCACCCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT

upper sequence: LOC_Os01g15460.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G036837_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 6
ttggtgattgcacatagacctatgtttttgtctttgc-ttttttgtagagaaaatgctccttggtttcttgctaagctgcttgtgttatctcaact-tgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAGTATGATCACCCAATGGGCACGCTTGGCTACAGTCCGT
     |||  ||  | |  |  | || |  |  |||| | ||||| |   || |  ||    | ||  |  | || ||   | |||||||| || | |  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || || ||||||||| | |
--ttcgatgccattttggacatttttgtccttcttgcgtcttttgcatctaacaatcttgcagtttcttacccaatcttactatgttatctaaaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAATATGATCACTCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116875554|gb|EC366062.1|EC366062
EST:     CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCG                         GGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
genomic: CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccc ... caacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
EST: gi|116874997|gb|EC365505.1|EC365505
EST:     CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCG                         GGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
genomic: CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccc ... caacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
EST: gi|33680921|gb|CF309160.1|CF309160
EST:     CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCG                         GGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
genomic: CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccc ... caacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
EST: gi|58674428|gb|CK063114.1|CK063114
EST:     CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCG                         GGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA
genomic: CACCTAAATCAGGCTATATGGTCAACTCCCTTTGTCTTCCACTTCGTCCGgtgagtaccc ... caacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agagaaaatgctccttggtttcttgctaagctgcttgtgttatctcaacttgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAGTATGATCACCCAATGGGCACGCTTGGCTACAGTCCGT
                                       ttatctc  CT-rich tract