Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgtggcgtggctaagctttgtttgactctgctgcatgtcaacgtttcttcacattcttgaggtcctgacaacactaatctgatacaattgatatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAGCAAATGAACCAAAGTCAACTGGATGTCCAGATTGAGACAGCTACAGAGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g40780.1
intron # 48
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29644838|gb|CB649845.1|CB649845
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|9886370|gb|BE607462.1|BE607462
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|428676|gb|D24828.1|D24828
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA
EST: gi|29686204|gb|CB682479.1|CB682479
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|29674319|gb|CB670594.1|CB670594
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|29629914|gb|CB634923.1|CB634923
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|428499|gb|D24650.1|D24650
EST:     GTTACAATGTACCTNTNGTTAATTCACTTGTGCTCTNTGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA
EST: gi|428675|gb|D24827.1|D24827
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCA-CAGTTGCAGCTTAATAAA
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttcacattcttgaggtcctgacaacactaatctgatacaattgatatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAGCAAATGAACCAAAGTCAACTGGATGTCCAGATTGAGACAGCTACAGAGC
                                    atacaattgatatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cgtggcgtggctaagctttgtttgactctgctgcatgtcaacgtttcttcacattcttgaggtcctgacaacactaatctgatacaattgatatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAGCAAATGAACCAAAGTCAACTGGATGTCCAGATTGAGACAGCTACAGAGC

- tggcgtg
- - - - - - - - - tgtttga
- - - - - - - - - - - - - - - -tgcatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtcctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatac