Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgtggcgtggctaagctttgtttgactctgctgcatgtcaacgtttcttcacattcttgaggtcctgacaacactaatctgatacaattgatatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAGCAAATGAACCAAAGTCAACTGGATGTCCAGATTGAGACAGCTACAGAGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g40780.3
intron # 45
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29644838|gb|CB649845.1|CB649845
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|9886370|gb|BE607462.1|BE607462
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|428676|gb|D24828.1|D24828
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA
EST: gi|29686204|gb|CB682479.1|CB682479
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|29674319|gb|CB670594.1|CB670594
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|29629914|gb|CB634923.1|CB634923
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAG
EST: gi|428499|gb|D24650.1|D24650
EST:     GTTACAATGTACCTNTNGTTAATTCACTTGTGCTCTNTGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA
EST: gi|428675|gb|D24827.1|D24827
EST:     GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAG                         GCTGTGCA-CAGTTGCAGCTTAATAAA
genomic: GTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 68 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 17

AAAGCAGAAGTTACTTCTGCCGCAAAACGAAGCAAATATTGCTGGGACTCGTTACAATGTACCTCTTGTTAATTCACTTGTGCTCTATGTGGGCATGCAGgtcagtttct ... atatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAGCAAATGAACCAAAGTCAACTGGATGTCCAGATTGAGACAGCTACAGAGC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttcacattcttgaggtcctgacaacactaatctgatacaattgatatattcagGCTGTGCAACAGTTGCAGCTTAATAAAATGAATGCATCAGCGTCGGCGCAGCAAATGAACCAAAGTCAACTGGATGTCCAGATTGAGACAGCTACAGAGC
                                    atacaattgatatatt  TA-rich tract