Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtattattcctgcatattcatttgtggctgtctggtacatggttcactgcattctgattttggtacactattatgttctttttttctattgtagATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCATGACTTCCCTGAGTTCCTTTGCGATTACCACTTCAGTTTCTGTGATGTCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g40780.1
intron # 45
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58681156|gb|CK069843.1|CK069843
EST:     TG-TCAAATTCATGGAACCATATTTAAGAAATGCTGAACTGGGACAACCC                         ATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCAT
genomic: TGTTCAAATTCATGGAACCATATTTAAGAAATGCTGAACTGGGACAACCCgtaagtatta ... tctattgtagATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCAT
EST: gi|163928760|gb|EG711897.1|EG711897
EST:     TGTTCAAATTCATGGAACCATATTTAAGAAATGCTGAACTGGGACAACCC                         ATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCAT
genomic: TGTTCAAATTCATGGAACCATATTTAAGAAATGCTGAACTGGGACAACCCgtaagtatta ... tctattgtagATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCAT
EST: gi|27547144|gb|CA765202.2|CA765202
EST:     TGTTCAAATTCATGGAACCATATTTAAGAAATGCTGAACTGGGACAACCC                         ATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCAC
genomic: TGTTCAAATTCATGGAACCATATTTAAGAAATGCTGAACTGGGACAACCCgtaagtatta ... tctattgtagATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCA-
EST: gi|58677103|gb|CK065790.1|CK065790
EST:     TGTTCAAATTCATGGAACCATATTTAAGAAATGCTGAACTGGGACAACCC                         ATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCAT
genomic: TGTTCAAATTCATGGAACCATATTTAAGAAATGCTGAACTGGGACAACCCgtaagtatta ... tctattgtagATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggttcactgcattctgattttggtacactattatgttctttttttctattgtagATACACCTGTTGTACAAAGGAACTTTGAGAGTGTTACTTGTGCTACTGCATGACTTCCCTGAGTTCCTTTGCGATTACCACTTCAGTTTCTGTGATGTCA
            ttctgat  putative branch site (score: 3)
                               ttatgttctttttttc  putative PPT
                             tattatgttctttttt  TA-rich tract