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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagttgaagcaaacaagtcaaaatcacttatattatgggacgcggagagtaatagatattgattgattggacaattgttcatttggcttacgttttgcagGTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGATTTGTTTGTATGGATATTTCAGAACGTGAAGGCACATACCAGTGCATTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g27110.1
intron # 42
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29627751|gb|CB632762.1|CB632762
EST:     TGCGCTTGAGCATGATACAAGCAATGCCGTGCTACTCTTCGACTGCAGAG                         GTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGA
genomic: TGCGCTTGAGCATGATACAAGCAATGCCGTGCTACTCTTCGACTGCAGAGgtatgggcac ... cgttttgcagGTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGA
EST: gi|25807342|gb|CA763303.1|CA763303
EST:     TGCGCTTGAGCCTGATACAAGCAATGCCGTGCTACTCTTCGACTGNAGAG                         GTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGA
genomic: TGCGCTTGAGCATGATACAAGCAATGCCGTGCTACTCTTCGACTGCAGAGgtatgggcac ... cgttttgcagGTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGA
EST: gi|27545824|gb|CA764017.2|CA764017
EST:     TGCGCTTGAGCATGATACAAGCAATGCCGTGCTACTCTTCGACTGCAGAG                         GTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGA
genomic: TGCGCTTGAGCATGATACAAGCAATGCCGTGCTACTCTTCGACTGCAGAGgtatgggcac ... cgttttgcagGTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agagtaatagatattgattgattggacaattgttcatttggcttacgttttgcagGTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGATTTGTTTGTATGGATATTTCAGAACGTGAAGGCACATACCAGTGCATTG
                                       ggcttac  putative branch site (score: 3)
     aatagatattgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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cagttgaagcaaacaagtcaaaatcacttatattatgggacgcggagagtaatagatattgattgattggacaattgttcatttggcttacgttttgcagGTGTTGTCAGGTTCATGCTCACCTTGACTAGTTGGCAGTCAAGAGAGCCGATTTGTTTGTATGGATATTTCAGAACGTGAAGGCACATACCAGTGCATTG

- - tgaagca
- - - - - - - - - caaaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgattg