Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aactattcatctggatgatgcttctttattttacatagattcatttgatgtaataatatagatttgttttgttctcatttttcctttcactcttttacagCCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g13170.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G088140_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
aactattcatctggatgatgcttctttattttacatagattcatttgatgtaataatatagatttgttttg-ttctcatttttcctttcactcttttacagCCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCG
   ||    |    |  ||     |||   |           | || |  |||||| | || ||| ||||| ||| ||||||||   | ||| | |  ||| ||||||| ||||| ||||||||   ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| |||
-tttaagggttcaaacaatttgatttttgctagtgagtgggtaattaacttaataacaaagtttttttttgattcacatttttctcattactttctctcagGCTATGATTCCACCTTATGGAAC---ACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG

upper sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074373_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
aactattcatctggatgatgcttctttattt-tacatagattcatttgatgtaataatatagatttgttttg-ttctcatttttcctttcactctttta-cagCCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCG
    | |  |    |  |    | |||  |  |   | | |  | || |  | |||| | || | | ||||| ||| ||||||||   | ||| ||||  ||||||||||| |||||||||||| |      ||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| |  ||
-ttgagtggttcaaacaaattgtttttgctagtgagtgggt--aattaacatgataacaaagttgttttttggttcacatttttctcattacttttttttcagCCTATGATTCCACCATATGGAGC------ACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatgtaataatatagatttgttttgttctcatttttcctttcactcttttacagCCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCG
 atttgat  putative branch site (score: 5)
                 tttgttttgttctcat  putative PPT
     taataatatagatttg  TA-rich tract