1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tcgtaccactttccatacagctctttctgaattagaagctttatactgaaatagaacttccaaattgtatggcctttgaacatcatttccttgatcacagGCAGCTCACTGGTGAACTGGTTGACCCTTCAAGGCCAGGAGACTTCAACCAAGCAATGATGGAACTAGGAGCAACACTCTGCAGCAAGACGAAGCCTGGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g10850.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctgaaatagaacttccaaattgtatggcctttgaacatcatttccttgatcacagGCAGCTCACTGGTGAACTGGTTGACCCTTCAAGGCCAGGAGACTTCAACCAAGCAATGATGGAACTAGGAGCAACACTCTGCAGCAAGACGAAGCCTGGT
ccttgat putative branch site (score: 5)
tcatttcctt CT-rich tract
aaattgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcgtaccactttccatacagctctttctgaattagaagctttatactgaaatagaacttccaaattgtatggcctttgaacatcatttccttgatcacagGCAGCTCACTGGTGAACTGGTTGACCCTTCAAGGCCAGGAGACTTCAACCAAGCAATGATGGAACTAGGAGCAACACTCTGCAGCAAGACGAAGCCTGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- gtaccac
- - - - - - ccataca
- - - - - - - - - - - ctttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tactgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgaaca