1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagaagttggttgtgttttgtgtgtttgcatttgcaaagtatgttgttggaagaaatgggttggatgtctgtgacacaagagatttgcaggcagagtaatagattcagtgttgcactcttatctcagaaatttcagtgagtggtttggttgtgcattgaattcaataatctttatgcatatgtagGCTTGATATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCCAGAGCTCGCCTGAAGAAGCAATGCATAAAATATCTTGGTCCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g05420.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTATGATGTTTGGTGCCAAAGCCAGGCCGGCCAGCCATTCTTCTACTG GCTTGATATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCC-GAGCEST: gi|29688635|gb|CB684910.1|CB684910
genomic: TACTATGATGTTTGGTGCCAAAGCCAGGCCGGCCAGCCATTCTTCTACTGgtaagaagtt ... gcatatgtagGCTTGATATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCCAGAGC
EST: TACTATGATGTTTGGTGCCAAAGCCAGGCCGGCCAGCCATTCTTCTACTG GCTTGATATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCCAGAGCEST: gi|33797243|gb|CF324484.1|CF324484
genomic: TACTATGATGTTTGGTGCCAAAGCCAGGCCGGCCAGCCATTCTTCTACTGgtaagaagtt ... gcatatgtagGCTTGATATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCCAGAGC
EST: TACTATGATGTTTGGTGCCAAAGCCAGGCCGGCCAGCCATTCTTCTACTG GCTTGANTATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCCAGAG
genomic: TACTATGATGTTTGGTGCCAAAGCCAGGCCGGCCAGCCATTCTTCTACTGgtaagaagtt ... gcatatgtagGCTTGA-TATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCCAGAG
tttcagtgagtggtttggttgtgcattgaattcaataatctttatgcatatgtagGCTTGATATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCCAGAGCTCGCCTGAAGAAGCAATGCATAAAATATCTTGGTCCG
attgaattcaataatc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagaagttggttgtgttttgtgtgtttgcatttgcaaagtatgttgttggaagaaatgggttggatgtctgtgacacaagagatttgcaggcagagtaatagattcagtgttgcactcttatctcagaaatttcagtgagtggtttggttgtgcattgaattcaataatctttatgcatatgtagGCTTGATATTGGGGAAGGAAAAGATGTTGACCTTCCTGAGTGTCCCAGAGCTCGCCTGAAGAAGCAATGCATAAAATATCTTGGTCCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA