Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaaatctaactagtagtgagtaaaatgctatggtctcacaatacacacagtcacttaagcacactgttttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g36070.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g36070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G104449_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatgaaatct--aactagtagtgagtaaaatgctatggtctcacaatacacacagtcacttaagcacactgttttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
||| | ||| |  |||||  ||  ||| |||| |||  |  ||||| ||| ||||    || | || |||   | ||| ||||||||||||||| |||||||||||  || | |||||||||||
gtaaggaatttttaactatcagctagtcaaatactacaggttcaca-tactcaca----ctaaggcgcac--ctcttttcatagGTACATGTGTGTCATGGGAATCAACTTTATACAAAAAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29672693|gb|CB668968.1|CB668968
EST:     ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
EST: gi|58609633|gb|CK037666.1|CK037666
EST:     ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
EST: gi|29626153|gb|CB631164.1|CB631164
EST:     ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
EST: gi|88731451|gb|CI755064.1|CI755064
EST:     ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATGGTT
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATGGTT
EST: gi|29665385|gb|CB661660.1|CB661660
EST:     ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
EST: gi|88352092|gb|CI626092.1|CI626092
EST:     ATT-CACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATG
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATG
EST: gi|29623258|gb|CB628269.1|CB628269
EST:     ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
EST: gi|29626975|gb|CB631986.1|CB631986
EST:     ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
EST: gi|29623293|gb|CB628304.1|CB628304
EST:     ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTT                         GTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
genomic: ATTTCACACCCTCCTTGCTGAAGGCTTTGCTGATGGACCAATTGATGTTTgtatgaaatc ... ttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgctatggtctcacaatacacacagtcacttaagcacactgttttttgcatagGTACATGTGTTTCATGGGAATCGTCTCTGTACAAAAAATG
         gtctcac  putative branch site (score: 3)
                                        ctgtttttt  putative PPT
                                         tgtttttt  TA-rich tract