Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgatctgttttattccttgtctgatatcaatttataatttgttttacgtattgaatcttcatttgcctaacattcttgaaccctaattatttccttagACAGCTGCTCTTGATGGGGAAATTGATTTGAAGACGAGAGTAATCCCATTGACATGTGTAGGACTGGACTCTGAACAGTTGCACAAAATTAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g25980.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g25980.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM5G865163_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
--cttgatctgttttattccttgtctgatatcaatttataatttgttttacgtattgaatcttcatttgcctaacattcttgaaccctaattatttccttagACAGCTGCTCTTGATGGGGAAATTGATTTGAAGACGAGAGTAATCCCATTGACATGTGTAGGACTGGACTCTGAACAGTTGCACAAAATTAAG
   ||   | |    |    |||  |   ||   ||    ||   |  | | ||    || |  || | |||   ||||| |||  |||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    |||| ||||| ||||| | ||||||| |||||||||| |||
ttgttagacggggccaaattttgagtttcattggttgtccatagttaattcttaactgat-tgaatatacctcctattct-gaattctaattatgtttgtagACAGCTGCTCTTGATGGGGAAATTGATTTGAAGACAAGAGCAAGCCCACCACCATGCGTAGGGCTGGAGTTTGAACAGCTGCACAAAATAAAG

upper sequence: LOC_Os11g25980.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G411940_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
----cttgatctgttttattccttgtctgatatcaatttataatttgttttacgtattgaatcttcatttgcctaacattcttgaaccctaattatttccttagACAGCTGCTCTTGATGGGGAAATTGATTTGAAGACGAGAGTAATCCCATTGACATGTGTAGGACTGGACTCTGAACAGTTGCACAAAATTAAG
     | ||   |    | |  |    | ||     |  ||| ||  || |    | |||   |  || | |||   |||||||||  |||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    |||| ||||| ||||| | ||||||| |||||||||| |||
cttgttagacggggcaaacttttgagttcattgttgtccatagttaattctta--actga--ttgaatatacctcctattcttgaattctaattatgtttgtagACAGCTGCTCTTGATGGGGAAATTGATTTGAAGACAAGAGCAAGCCCACCACCATGCGTAGGGCTGGAGTTTGAACAGCTGCACAAAATAAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacgtattgaatcttcatttgcctaacattcttgaaccctaattatttccttagACAGCTGCTCTTGATGGGGAAATTGATTTGAAGACGAGAGTAATCCCATTGACATGTGTAGGACTGGACTCTGAACAGTTGCACAAAATTAAG
                                           ttatttcctt  CT-rich tract
                                        taattatttcctta  TA-rich tract