1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtagggaaacatccttcttaccatctccacccaacataatgcttatccttattatttctgatagtaatctgagactattgttggttggtttcattttatttatggttttcaaggtgatttggatgttctaaggaaccttacaaattgtgtacaactgcagGGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGACAGGAGGAAGATTGAGGGCAATGAGTATTTCAAAGAAAAGAAGTTTGAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g05090.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGATCTTTTATATGAAGTTGAACTTATTGGGTTTGATGATGTCAAAGAG GGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGACEST: gi|29663324|gb|CB659599.1|CB659599
genomic: CAGATCTTTTATATGAAGTTGAACTTATTGGGTTTGATGATGTCAAAGAGgtagggaaac ... acaactgcagGGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGAC
EST: TTGATGATGTCAAAGAG GGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGACEST: gi|27546946|gb|CA765208.2|CA765208
genomic: TTGATGATGTCAAAGAGgtagggaaac ... acaactgcagGGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGAC
EST: CAGATCTTTTATATGAAGTTGAACTTATTGGGTTTGATGATGTCAAAGAG GGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGACEST: gi|58693730|gb|CK082417.1|CK082417
genomic: CAGATCTTTTATATGAAGTTGAACTTATTGGGTTTGATGATGTCAAAGAGgtagggaaac ... acaactgcagGGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGAC
EST: CAGATCTTTTATATGAAGTTGAACTTATTGGGTTTGATGATGTCAAAGAG GGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGAC
genomic: CAGATCTTTTATATGAAGTTGAACTTATTGGGTTTGATGATGTCAAAGAGgtagggaaac ... acaactgcagGGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGAC
ttttcaaggtgatttggatgttctaaggaaccttacaaattgtgtacaactgcagGGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGACAGGAGGAAGATTGAGGGCAATGAGTATTTCAAAGAAAAGAAGTTTGAGG
accttac putative branch site (score: 11)
ttacaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagggaaacatccttcttaccatctccacccaacataatgcttatccttattatttctgatagtaatctgagactattgttggttggtttcattttatttatggttttcaaggtgatttggatgttctaaggaaccttacaaattgtgtacaactgcagGGGAAAGCCCGAAGTGACATGACAGTAGAGGAAAGGATTGAAGCAGCGGACAGGAGGAAGATTGAGGGCAATGAGTATTTCAAAGAAAAGAAGTTTGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT