1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtttacatatatgtataaataatttattatgaggcagcaagtgtttgcttctgcactgacatttgttgccttgttgctctaacttactgtgtggtaatctgtctttcagGCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g42940.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAG GCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTEST: gi|571720|gb|D41231.1|D41231
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genomic: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAGgtttacatat ... tgtctttcagGCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCT
EST: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAG GCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTEST: gi|325494682|gb|JG459206.1|JG459206
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EST: GGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAG GCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTEST: gi|88761917|gb|CI771473.1|CI771473
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EST: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAG GCCATTATTAAEST: gi|33795688|gb|CF323714.1|CF323714
genomic: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAGgtttacatat ... tgtctttcagGCCATTATTAA
EST: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAG GCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGGTGTTTGCEST: gi|218479871|gb|FG966995.1|FG966995
genomic: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAGgtttacatat ... tgtctttcagGCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGG-TGTTTGC
EST: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAG GCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATAGGTGTATGCT
genomic: TTGATTCCCTGGATAGAGAGAGGATTGGGAGAGCCAGAGCTGAATTTCAGgtttacatat ... tgtctttcagGCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCT
actgacatttgttgccttgttgctctaacttactgtgtggtaatctgtctttcagGCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG
aacttac putative branch site (score: 2)
tctgtctttc putative PPT
atttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttacatatatgtataaataatttattatgaggcagcaagtgtttgcttctgcactgacatttgttgccttgttgctctaacttactgtgtggtaatctgtctttcagGCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG
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