Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aattcgagtactgagcatttgataattaaattcttacaaatgcattttttttcacctttttgttaagtaatgtggcaaatgccaatgaaataaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGCTTGGTGCTGGAGGTGGCATAGGTGTACCCAATACATCCAATG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g39620.6
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g39620.6 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G170843_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
--aattcgagtactgagcatttgataattaaattcttacaaatgcattttttttcacctttttgttaagtaatgtggcaaatgccaatgaaataaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGCTTGGTGCTGGAGGTGGCATAGGTGTACCCAATACATCCAATG
  |    |      | |||  |    ||| | ||   |    |  | |       |  | |  | | | || |   || ||      |||||||   |||||| |  ||||||||   |||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||| | ||||||||  ||||||| || ||||| ||||  |
ggagcatgttagacgggcagctctgcattgattttaaattcttatactggaaaa-atatgtgagattattactccagctaagcagtgtgaaatatg-tgcagGTACACGGGGAAACCCTAGCCTTGACACCTTGATGAGCATGCTCAGCGGGCTTGGTTCGGGAGGTGGTCTAGGTGTTCCAAATACCTCCAGCG

upper sequence: LOC_Os10g39620.6 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G136769_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
------aattcgagtactgagcatttgataattaaattcttacaaatgcattttttttcacctttttgttaagtaatgtggcaaatgccaatgaaataaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGCTTGGTGCTGGAGGTGGCATAGGTGTACCCAATACATCCAATG
       |   | | |     |  |||||  || | |||||  |   |     | | |     ||||| |    | |   | || || || || |||    | |||| | ||  |||||   |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||
gcatgttagatgggcagctccccattgatt-ttgagttcttgtactggataaatatgtggaaattttgct--ccagttaagaaagtggca-tgtaattt--tacagGTACGCCTGGAAACCCTAGCCTTGACACCTTGATGAGCATGCTCAGTGGGCTTGGTTCGGGAGGTGGCATAGGTGTTCCAAATACTTCCAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|109712145|gb|CI104753.1|CI104753
EST:     AAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: AAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|88958317|gb|CI095836.1|CI095836
EST:     AGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: AGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|89163881|gb|CI100969.1|CI100969
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGTTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|18388313|gb|BM421511.1|BM421511
EST:     GGATGGTACCCAAGGA-GCAATGCGACA-                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|88828651|gb|CI073521.1|CI073521
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|29618972|gb|CB623984.1|CB623984
EST:     GATTCAGGGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GATTCAGGGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|27921362|gb|CB097170.1|CB097170
EST:     AAGGGGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: AAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|88833306|gb|CI076788.1|CI076788
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|89181232|gb|CI045315.1|CI045315
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|86425144|gb|CI070241.1|CI070241
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGAAAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|89175050|gb|CI041128.1|CI041128
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|109712042|gb|CI029212.1|CI029212
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|89192630|gb|CI049928.1|CI049928
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|86256040|gb|CI068489.1|CI068489
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|88249421|gb|CI249270.1|CI249270
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|88219735|gb|CI219295.1|CI219295
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|88844917|gb|CI022271.1|CI022271
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|89186529|gb|CI048201.1|CI048201
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|88985193|gb|CI006847.1|CI006847
EST:     GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: GGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
EST: gi|29618971|gb|CB623983.1|CB623983
EST:     CTTTTGAGTTTCTTGATTCAGGGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAG                         GCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC
genomic: CTTTTGATTTTCTTGATTCAGGGATGGTAGCCAAGGAGGCAATGCGACAGgtattttctc ... taaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttttcacctttttgttaagtaatgtggcaaatgccaatgaaataaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGCTTGGTGCTGGAGGTGGCATAGGTGTACCCAATACATCCAATG
           tttttgttaagtaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aattcgagtactgagcatttgataattaaattcttacaaatgcattttttttcacctttttgttaagtaatgtggcaaatgccaatgaaataaaatgcagGCATGCGGGGAAATGTTAGCCTCGACACCTTGATGGGCATGCTTAGTGGGCTTGGTGCTGGAGGTGGCATAGGTGTACCCAATACATCCAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG