1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...agccaatcaattatcatttttttacaatatgtttgtaatttactgatgtgtctcactgtttgatataatctattggctaaatcgtgaagttcttccacagGAGGCAAGTCTTCCAGGAGTGCTGACTGTTGAGAACCTGGTGGAGCGTGCAATTACAAGGAGCCAAGCTAATGGAGCTGCTTCTCCTGAGGTGCCAAAAC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g26730.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGGATGAATCTTGAAGTTCTCAAGTATTGTGCTACAGTTCTCTTCTTG GAGGCAAGTCTTCCAGGAGTGCTGACTGTTGAGAACCTGGTGGAGCGTGCA
genomic: TTAGGATGAATCTTGAAGTTCTCAAGTATTGTGCTACAGTTCTCTTCTTGgtatgtttgg ... tcttccacagGAGGCAAGTCTTCCAGGAGTGCTGACTGTTGAGAACCTGGTGGAGCGTGCA
atgtgtctcactgtttgatataatctattggctaaatcgtgaagttcttccacagGAGGCAAGTCTTCCAGGAGTGCTGACTGTTGAGAACCTGGTGGAGCGTGCAATTACAAGGAGCCAAGCTAATGGAGCTGCTTCTCCTGAGGTGCCAAAAC
ttcttccac CT-rich tract
tttgatataatctatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agccaatcaattatcatttttttacaatatgtttgtaatttactgatgtgtctcactgtttgatataatctattggctaaatcgtgaagttcttccacagGAGGCAAGTCTTCCAGGAGTGCTGACTGTTGAGAACCTGGTGGAGCGTGCAATTACAAGGAGCCAAGCTAATGGAGCTGCTTCTCCTGAGGTGCCAAAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatgt