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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtctcatggttcacctattctgttgtattttgagactaaatccagaattcattatatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g08550.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G048371_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
------------------------------------------gtttgtctcatggttcacctattctgttgtatt--ttgagactaaatccagaattcatta--tatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG
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gtttgcaaccggttccctcgttctattcttatagtctctcgttctattcttatagt-ctctcgttctattcttatagtcattattaaacgcggtattcattgcttatatcccgtttggtctgcagGACCCTACAGCACAGACTGAGATTGATAACTTCATGGTTCAACAACTTGATGGGACCAAAAATGAGTGGGGATGGTGCAAGCAAAAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G28100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-----------------gtttgtctcatggttcacctattctgttgtattttgagactaaatc-cagaattcat----tatatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG
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gtattatgcagctgtaaaattggattatgg--catattttttgaaacatgttagtagtggataattgatttcatgtgttattttgtttgttgcctttacagGACCCAACGAAGCAGACTGAAATTGACAATTTTATGGTACAGCAGCTTGATGGAACTGTTAATGAATGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S1_526V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------------------------gtttgtctcatggttcacctattctgttgtattttgagactaaatccagaattcattatatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG
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gtatgtgtcacgtcgtagctgcacggattcctaattttacgactgagacgtaaactttagtatgtgggttgcgaatttaatttactgtttacttatt-tgcagGACCCCACAAACCAAACTGCAATCGACAACTTCATGGTTCACGAACTTGACGGTACCCAAAACGAGTGGGGATGGTGCAAGCAGAAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S1_527V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
----------------------------gtttgtctcatggttcacctattctgttgtattttgagactaaatccagaattcattatatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG
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gtacgcgttacgtcgtggcaatgcaggttcccgtcttttgacttgtgaataacattgcgcatttgggttaaaatattaacacgcc---tgcacgattttt----cagGACCCTACAGATCAAACTGGAATTGACAACTTCATGGTTCATGAACTTGACGGTACCCAGAACGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ14601 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtttgtctcatggttcacctattctgttgtattttgagactaaatccagaattcattatatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG
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-----------------------gtaaaggatttatcaaagaattctagctccaacttaaca----aaatcttgtacagGATCCGACCGATCAAACTGGTATTGACAACTTCATGGTTCACGAGCTCGATGGAACACAAAACAAATGGGGCTGGTGCAAGCAGAAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ32861 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtttgtctcatggttcacctattctgttgtattttgagactaaatccagaattcattatatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG
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-----------------------gtaacggatttatcaaagaattctagctccaacttaaca----aaatcttgtacagGATCCGACCGATCAAACTGGTATTGACAACTTCATGGTTCACGAGCTCGATGGAACACAAAACAAATGGGGCTGGTGCAAGCAGAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88330898|gb|CI638306.1|CI638306
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|86902674|gb|CI306477.1|CI306477
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTT
EST: gi|88349923|gb|CI634458.1|CI634458
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88391057|gb|CI592965.1|CI592965
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|4878569|gb|AU062868.1|AU062868
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTNGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGNATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTTA
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTG-ATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGA
EST: gi|117224917|gb|CT845976.1|CT845976
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|29688336|gb|CB684611.1|CB684611
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58687518|gb|CK076205.1|CK076205
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58607766|gb|CK035799.1|CK035799
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58601045|gb|CK011573.1|CK011573
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58604220|gb|CK014748.1|CK014748
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|29632827|gb|CB637836.1|CB637836
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88392553|gb|CI625375.1|CI625375
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58603547|gb|CK014075.1|CK014075
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGGCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|11610421|gb|AU166097.1|AU166097
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTTGA
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTT-GA
EST: gi|58669799|gb|CK058485.1|CK058485
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|29656140|gb|CB652415.1|CB652415
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58654310|gb|CK042990.1|CK042990
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|29678862|gb|CB675137.1|CB675137
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88355168|gb|CI651871.1|CI651871
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAG
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCC-AGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAG
EST: gi|88407411|gb|CI583869.1|CI583869
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|33654264|gb|CF276878.1|CF276878
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58597291|gb|CK007819.1|CK007819
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGGGTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58687904|gb|CK076591.1|CK076591
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|87015580|gb|CI303186.1|CI303186
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACA
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACA
EST: gi|10930989|gb|AU161263.1|AU161263
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGGTTCAGCAGCTTTA
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGG-TTCAGCAGCTTGA
EST: gi|55432653|gb|CV729347.1|CV729347
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|86909386|gb|CI304648.1|CI304648
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88716825|gb|CI740335.1|CI740335
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAG
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAG
EST: gi|58600775|gb|CK011303.1|CK011303
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88306358|gb|CI638141.1|CI638141
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88392366|gb|CI612840.1|CI612840
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|11565245|gb|AU165881.1|AU165881
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88693278|gb|CI736853.1|CI736853
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGAT
EST: gi|29644081|gb|CB649088.1|CB649088
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|7219930|gb|AU062421.2|AU062421
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTTAT
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genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
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genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
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genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
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genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88726757|gb|CI750412.1|CI750412
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTG
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTG
EST: gi|58663601|gb|CK052287.1|CK052287
EST:     GCTCTGATTGGCAA-                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|29684326|gb|CB680601.1|CB680601
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
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EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATCGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88744779|gb|CI768139.1|CI768139
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGG
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGG
EST: gi|58686722|gb|CK075409.1|CK075409
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|58656233|gb|CK044913.1|CK044913
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88358960|gb|CI619464.1|CI619464
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTATGTCAAAGGCTGAGCCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAAGCCTT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGC-TTGATAACTTCATGGTTCAGCA-GC-TT
EST: gi|58690568|gb|CK079255.1|CK079255
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGAT
EST: gi|88395343|gb|CI611260.1|CI611260
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAG                         GACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCCTTGA
genomic: GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGC-TTGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 51 (downstream exon)
Score: 341

GCTGTCGACAATGTGAACTCGGTTATTGCCCCAGCTCTGATTGGCAAGgtttgtctca ... tcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttgtattttgagactaaatccagaattcattatatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG
             gactaaa  putative branch site (score: 341)
                                    tgctctatttcttct  putative PPT
                       agaattcattatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtctcatggttcacctattctgttgtattttgagactaaatccagaattcattatatgctctatttcttctgcagGACCCTACGTCACAGGCTGAGCTTGATAACTTCATGGTTCAGCAGCTTGATGGAACCAAAAATGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA