1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagttaattggctacaatatatggttagaaatattggggaacaccactgttatgtgcatattcatagtccaaaatatgatatatagaaatatgcgttcatgctggtgatttatttccttattagtgggcatcatccagatggtgtatctttatgtcaaacttgaaatgatcctgataccaagaatttgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGATGCCACTGGTGCCACTACCTGAACTGCGTACCCACATCGAAGTGGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g35730.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGEST: gi|88546842|gb|CI477093.1|CI477093
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGEST: gi|27578050|gb|CB000745.1|CB000745
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTNCA-GGGTAAGAATGGAAATGACGEST: gi|88551084|gb|CI481110.1|CI481110
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTT-CAAGGGTAAGAATGGAAATGACG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGEST: gi|11442952|gb|BF430849.1|BF430849
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGEST: gi|9866306|gb|AU102056.1|AU102056
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGEST: gi|29659848|gb|CB656123.1|CB656123
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGEST: gi|38479876|gb|CF963965.1|CF963965
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGEST: gi|88546060|gb|CI475668.1|CI475668
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGEST: gi|163928838|gb|EG711925.1|EG711925
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGG
EST: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGG GTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTA
genomic: GCATACCAATATGTTTTGTGGGTTGTGGCATTCGTTTTGCTGCTTGTCGGgtaagttaat ... tgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTA
gtgtatctttatgtcaaacttgaaatgatcctgataccaagaatttgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGATGCCACTGGTGCCACTACCTGAACTGCGTACCCACATCGAAGTGGAAG
tcctgat putative branch site (score: 19)
aagaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttaattggctacaatatatggttagaaatattggggaacaccactgttatgtgcatattcatagtccaaaatatgatatatagaaatatgcgttcatgctggtgatttatttccttattagtgggcatcatccagatggtgtatctttatgtcaaacttgaaatgatcctgataccaagaatttgcaatgcagGTTTGTGGTTTCACTAGTGATGCTCTTCAAGGGTAAGAATGGAAATGACGGATGCCACTGGTGCCACTACCTGAACTGCGTACCCACATCGAAGTGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG