1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTACAGTGCACAGGGAACAGGATCTGCTTTGATCATGCCAGTGCTGGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g32800.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33681495|gb|CF309734.1|CF309734
genomic: CTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|218497460|gb|FG955186.1|FG955186
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|58599894|gb|CK010422.1|CK010422
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|86592540|gb|CI253221.1|CI253221
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33683336|gb|CF311575.1|CF311575
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|55439808|gb|CV733214.1|CV733214
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCEST: gi|218499612|gb|FG949767.1|FG949767
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGG-ATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCC
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33683337|gb|CF311576.1|CF311576
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGGATGTGTTTTCACCTATGATGCNAGTTGGGTCCTATGAGAGGACEST: gi|15853001|gb|BI805797.1|BI805797
genomic: TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATG-TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGG-ATGTGTTTTCACCTATGATGC-AGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: TCTTCCCATATTATGCTTTTCAATGTTACTT-GTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGAT-CAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33818104|gb|CF334878.1|CF334878
genomic: TCTTCCCATATTATGC-TTTCAATG-TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33660627|gb|CF291594.1|CF291594
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|88829933|gb|CI004971.1|CI004971
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: TCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|88211460|gb|CI211100.1|CI211100
genomic: TCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|38472549|gb|CF956681.1|CF956681
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATAATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|8856804|gb|AU094122.1|AU094122
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: TTCTCCCCATATTATNCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGNAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATNCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTEST: gi|87023706|gb|CI286457.1|CI286457
genomic: TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTG-AAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACT
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|87035374|gb|CI189996.1|CI189996
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|86258837|gb|CI000066.1|CI000066
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: CAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|86593168|gb|CI255630.1|CI255630
genomic: CAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|86593079|gb|CI255541.1|CI255541
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|88956647|gb|CI092839.1|CI092839
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: GTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33683521|gb|CF311760.1|CF311760
genomic: GTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|86503207|gb|CI145840.1|CI145840
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAG-G-ACTGEST: gi|33804936|gb|CF328345.1|CF328345
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GTAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|86502309|gb|CI144942.1|CI144942
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|88839225|gb|CI000697.1|CI000697
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|87035386|gb|CI190008.1|CI190008
genomic: TACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|86253685|gb|CI058412.1|CI058412
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33683522|gb|CF311761.1|CF311761
genomic: CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33660628|gb|CF291595.1|CF291595
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|55412184|gb|CV724560.1|CV724560
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAEST: gi|396941603|gb|HO188260.1|HO188260
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCA
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33803802|gb|CF327775.1|CF327775
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|88250654|gb|CI348884.1|CI348884
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: TGGTGGGCTTGATAGTGAA- GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33823301|gb|CF337451.1|CF337451
genomic: TGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACCTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGGATGTGTTTTCACCTATGATGCANGTTGGGTCCTATGAGAGGACEST: gi|33818729|gb|CF335188.1|CF335188
genomic: TTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTAC-TTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGG-ATGTGTTTTCACCTATGATGCA-GTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|58593878|gb|CF992186.1|CF992186
genomic: CTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTEST: gi|33818151|gb|CF334904.1|CF334904
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTT
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGGATGTGTTTTCACCTATGATGCNAGTTGGGTCCTATGAGAGGACEST: gi|66915431|gb|CX102279.1|CX102279
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGG-ATGTGTTTTCACCTATGATGC-AGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33803800|gb|CF327774.1|CF327774
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|58694905|gb|CK083592.1|CK083592
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|38477362|gb|CF961495.1|CF961495
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAACGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACEST: gi|56158103|gb|C73010.2|C73010
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGAC
EST: TTCTTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGG-TTGATAGTGAAG GGGAAAGGATGTGNTTTTCAEST: gi|55413999|gb|CV726375.1|CV726375
genomic: TTCTT-CCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGG-AAAGGATGTG-TTTTCA
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATEST: gi|33806416|gb|CF329086.1|CF329086
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGAT
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|3763562|gb|AU030314.1|AU030314
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: CTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|88836780|gb|CI014781.1|CI014781
genomic: CTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: TTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33804938|gb|CF328346.1|CF328346
genomic: TTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GTAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|89187440|gb|CI264259.1|CI264259
genomic: ATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGEST: gi|33678412|gb|CF306651.1|CF306651
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
EST: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAG GGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
genomic: ATTCTTCCCATATTATGCTTTCAATGTACTTGGTGGGCTTGATAGTGAAGgtaaggtgca ... attttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTG
gttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTACAGTGCACAGGGAACAGGATCTGCTTTGATCATGCCAGTGCTGGA
agctaat putative branch site (score: 80)
tcttattttc putative PPT
atatatatttctctaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaggtgcagatttttatttatgttttttctccttttccaatttatgttttatgtgtttgttgaagcatatatatttctctaatagctaataaacacatatcttattttcacagGGAAAGGATGTGTTTTCACCTATGATGCAGTTGGGTCCTATGAGAGGACTGGCTACAGTGCACAGGGAACAGGATCTGCTTTGATCATGCCAGTGCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA