1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgcttgaatctccatgatcgaagaatttggaagcaactgaattgctagctactagcagatgatcatggaaagagacttaattattctctcttgcttgcagCCGAGAGAGGTTCAGCGAGATGCATGCCAGGCTATGGTGGGAAGAAAACCGAGCGAGGATACATGAACAGTATCTCTGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g27230.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tagctactagcagatgatcatggaaagagacttaattattctctcttgcttgcagCCGAGAGAGGTTCAGCGAGATGCATGCCAGGCTATGGTGGGAAGAAAACCGAGCGAGGATACATGAACAGTATCTCTGA
acttaat putative branch site (score: 19)
ttattctctcttgctt CT-rich tract
acttaattatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcttgaatctccatgatcgaagaatttggaagcaactgaattgctagctactagcagatgatcatggaaagagacttaattattctctcttgcttgcagCCGAGAGAGGTTCAGCGAGATGCATGCCAGGCTATGGTGGGAAGAAAACCGAGCGAGGATACATGAACAGTATCTCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
tgcttga
- - - - -ctccatg
- - - - - - - - - - - - - - - - gcaactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcagatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catggaa