Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggttttttcattgactgcccagtcagtatgaaattttgacagaattgtatttgagcaatatgagaactaagaacaactgtttgtcgatggctcgctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAAGATGGTTTCTTTAGCATCAAGAACGAAATGCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g24320.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g24320.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G121200_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
-------------------------------------------------------------gtaggttttttcattgac----------tgcccagtcagtatgaaattttgacagaattgtatttgagcaatatgagaactaagaacaactgtttgtcgatggctcgctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAAGATGGTTTCTTTAGCATCAAGAACGAAATGCTG
                                                              | ||||| |||  ||            || | ||| |||||||||| |||| |||||||||||  |    ||| | |   |||||  | ||  ||   ||          |||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||| | |||||  | || |||||||||||||| |||||||  |||||||||
gtgggtttcttccctggtgtatgttgtctgtccagttagtatgaaatgttgatagaattgtatgggtttcttccctggtgtctgatgtttgtctagttagtatgaaatgttgatagaattgtattcta-ttttattaaacacaagaa-gattgcatggttat----------atgcagGGGGCTATCATGGCTGTTGGAGCGTCAAGACCTACTGTAGTGGCTGATAAGGATGGTTTCTTTAGTATCAAGAGTGAAATGCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89175625|gb|CI042646.1|CI042646
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|88243658|gb|CI244055.1|CI244055
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|88519780|gb|CI447434.1|CI447434
EST:     TGGGTATGTTGGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|86502075|gb|CI144708.1|CI144708
EST:     GGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAA
genomic: GGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTC-AGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAA
EST: gi|88257729|gb|CI360315.1|CI360315
EST:     TTTGGTGTGGATAGATTCGA-GCCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TTTGGTGTGGATAGATTCGATG-CAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|86496531|gb|CI139164.1|CI139164
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|58590474|gb|CF988782.1|CF988782
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|86504848|gb|CI147481.1|CI147481
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|29679375|gb|CB675650.1|CB675650
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|29679373|gb|CB675648.1|CB675648
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|2311214|gb|C27369.1|C27369
EST:     TTGGTGTGGATAGA-TCGATGCAANCCTTCCACC-NGTCA-                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|89168912|gb|CI020993.1|CI020993
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|86498936|gb|CI141569.1|CI141569
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|27547652|gb|CA767394.2|CA767394
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
EST: gi|88249651|gb|CI249500.1|CI249500
EST:     TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAG                         GGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA
genomic: TGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 70 (downstream exon)
Score: 27

GGACTTTTACGCTGTCTAATTTGGGTATGTTTGGTGTGGATAGATTCGATGCAATCCTTCCACCTGGTCAGgtaggttttt ... ctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAAGATGGTTTCTTTAGCATCAAGAACGAAATGCTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgagcaatatgagaactaagaacaactgtttgtcgatggctcgctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAAGATGGTTTCTTTAGCATCAAGAACGAAATGCTG
                                         ctcgctc  CT-rich tract
       aatatga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggttttttcattgactgcccagtcagtatgaaattttgacagaattgtatttgagcaatatgagaactaagaacaactgtttgtcgatggctcgctcaatgcagGGGGCTATTATGGCTGTTGGAGGATCGAGACCTACTTTGGTGGCCAACAAAGATGGTTTCTTTAGCATCAAGAACGAAATGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG