Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atggagcatcctgatgcatccaaattgattcaatcttaatttctgtaacagtattagtcatttttgtatattgctaagttccataatacattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g22440.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g22440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G031824_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
atggagcatcctgatgcatccaaattgattcaatcttaatttctgtaacagtattagtcatttttgtatattgcta-agttccataatacattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG
       ||  | ||  |||    |||    || ||| | ||  |||   | || | | || |   ||| |  |   |||| | | | ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
----gtaatttttatctatct---ttgg--aaagcttgaattgagtat--gcatgatttatct---tatgtcaccccagtttcgtcaaacaatgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG

upper sequence: LOC_Os09g22440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G080993_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
atggagcatcctgatgcatccaaattgattcaatcttaatttctgtaacagtattagtcatttttgtatattgctaagttccataatacattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG-------
              |  |||  | ||   ||  |   ||  |       |||||   | |||| | | |    | | ||| ||| | ||| ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||       
-------------gtaaatcttattta--tctttggaaagcttgaattgagtatgcatgatttatatgtcacccca-gtttcatcaaacaatgtttacagGTAATTGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACACGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGAATTGGCACTGAGGTTGTAG

upper sequence: LOC_Os09g22440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA02G03160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
atggagcatcctgatgcatccaaattgattcaatcttaatttct--gtaacagtattagtcatttttgtatattgctaagttccataatacattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG
|   |  |  |   | | ||  | ||   ||    | |  || |  ||    ||   |       | | ||  || |    |  ||   |  |||| | ||||| ||  |||| ||||| |||||||| ||  | || ||   ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||  | |||||||||
acaaaataaacatctacttcatagttttctcgtattaatattgtaggttctggttccaagagcaatggaattctgttt--ctgaatggcatgttgtgtgcagGTAATTTCTGTCATGTCTATGTGGACAAGAATGCAGCCAGCTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCACTGAACAAGCGGTTAGGGACTGAG

upper sequence: LOC_Os09g22440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G04400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
----atggagcatcc-tgatgcatccaaattgattcaatcttaatttctgtaacagtattagtcatttttgtatattgctaagttccataatacattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG
    | | | ||||     |  |      |    | ||| ||      | |      |  ||  ||    || | || || |     ||   |  |||| | ||||| ||  |||| ||||| |||||||| ||  | || ||   ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||  | |||||||||
acaaaagaaacatctactttatagttttttcctattaatattgtaggttctggttccaagagcaatggaagtctgtttctga-----atggcatgttgtgtgcagGTAATTTCTGTCATGTCTATGTGGACAAGAATGCAGCCAGCTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCGCTGAACAAGCGGTTAGGGACTGAG

upper sequence: LOC_Os09g22440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S191_130V6.3 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
-----------------------------------atggagcatcctgatgcatccaaattgat-tcaatcttaatttctgtaacagtattagtcatttttgtatattgctaagttccataata-cattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG
                                   ||    ||        | |   |  |||  | || | |    ||  |    ||  |   ||| || |||||| ||||| | | |   |    ||| |  ||||||    |||  ||  ||||||||||| ||||||||||   || ||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| || || || |||
gtaatttttttacattattgacagtagtattttaaatttgtcaggtctccacttgagatatgacatgaaccgtggactcaatggtcgtcctgtacatctt-gtatat-gctaaatactaagctggtgttggtgacagGTGGCATCTGCGATAACAATGTGGACTCGGTTACAACCTGATTTTGCTGCAAATATGTGGAATGAAGCTTTGAATAAACGCCTGGGTACAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58691578|gb|CK080265.1|CK080265
EST:     GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
genomic: GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
EST: gi|29683636|gb|CB679911.1|CB679911
EST:     GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
genomic: GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
EST: gi|29616538|gb|CB621550.1|CB621550
EST:     GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
genomic: GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
EST: gi|300216292|gb|HO088077.1|HO088077
EST:     GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
genomic: GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
EST: gi|58587758|gb|CF986066.1|CF986066
EST:     CTCTCTGATGCAAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTGCGGGCGCTTTATGCTGCA
genomic: CTCT-TGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
EST: gi|58593324|gb|CF991632.1|CF991632
EST:     GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAAACGCTTTATGCTGCA
genomic: GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
EST: gi|218498562|gb|FG955783.1|FG955783
EST:     GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
genomic: GGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
EST: gi|25806597|gb|CA762558.1|CA762558
EST:     GATGCCAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
genomic: GATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
EST: gi|7134677|gb|AU082617.1|AU082617
EST:     CCACCTCNTCTTGATGCAAACCTG                         GTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA
genomic: CCACCTCCTCTTGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 68 (downstream exon)
Score: 23

TCGAAGCATGGTTGGAAAGCCTTATGGCTATCATAACATGATATTTAGCTGGATTGATACAATCGGAGACAATTATCCACCTCCTCTTGATGCAAACCTGgtatgtcatc ... ttgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taacagtattagtcatttttgtatattgctaagttccataatacattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG
 ctgtaac  putative branch site (score: 23)
                                             ttgttttc  putative PPT
      tattagtcatttttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atggagcatcctgatgcatccaaattgattcaatcttaatttctgtaacagtattagtcatttttgtatattgctaagttccataatacattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - agcatcc
- - - - - - - tgcatcc
- - - - - - - - - - - - -tgattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tattgct