Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaataatcgttatgtttgatgtcatcattgtatccttatggccttgctttttgtttttgtctccattttatgtttctgtttttgttcttacctttcatgtttggaaaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATTCATGCTGTCAGCTTGTGCTCTCTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTATCT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g17840.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g17840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G307252_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtgaataatcgttatgtttgatgtcatcattgtatcctt-atggccttgctttttgtttttgtctccattttatgtttctgtttttgttcttacctttcatgtttggaaaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATTCATGCTGTCAGCTTGTGCTCTCTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTATCT
|||||||||   | | ||| || | |      | ||||| |||    |    |    ||||||   ||||  |||  |   |  |  | |   | |   ||||||| |     ||||| |||||||||||||| || |||||  |||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
gtgaataattagtttcttttatcttactgccttctcctttatgattctttgctacaattttgttaacattgaatgaattattaatgatgccagcttcaaatgtttgaa---tttgcagCTTGGCTGATGTTCTGGCAAATCCAGTCCATGCATTGTTCTATGTGGTCTTTATGCTGTCAGCCTGTGCTCTCTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTTTCT

upper sequence: LOC_Os09g17840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA12G35990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
--------------------------------------------------------gtgaataatc-gttatgt-ttgatgtcatcattgtatccttatggccttgctttttgtttttgtc-----tccattttatgtttctgtttttgt--tcttacctttcatgtttgg-----aaaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATTCATGCTGTCAGCTTGTGCTCTCTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTATCT
                                                         |    |  | | |||||  || | ||||| || |    | ||  || |  ||| ||  ||||       |   ||| || |||||  |||  |   | ||  ||     ||||      |     ||||| || |||||| |    || ||||| |||||||| ||||||||| | || || ||||| |||||||||||  | |||||||| |||||||||||||| |||
gtaggagaattgctgacaaattgatgttcagtgctttgtatgctgtatatatactaattgtcagccagctatgtactgctttcatctttctcatttgataaccctaatttgtgcctttgctgtatatgtttttcatctttctcatttgataaccctaatttgtgcctttgctgtatatgttttgcagCTTAGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCACTGTTCTATCTTGTGTTTATGCTTTCAGCTTGTGCCTTGTTCTCAAAAACATGGATTGAAGTCTCT

upper sequence: LOC_Os09g17840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G34370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
-------------------gtgaataatcgttatgtttgatgtcatcattgtatccttatggcc--ttgctttttgtttttgtctc-cattttatgtttctgtttt-tgttcttacctttcatgtttggaaaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATTCATGCTGTCAGCTTGTGCTCTCTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTATCT
                    |  |   ||  |   ||  |||  ||   | ||| ||    |||  ||   |  ||  ||  | || ||||| ||    ||  ||| ||   || | ||  || |||        ||||| || |||||| |    || ||||| |||||||| ||||||||| | || || ||||| ||||| |||||  | ||||| || |||||||||||||| |||
gtaaaagcattgttgacaaattcaagttcagtgctttgtatggtatatatatatactgtcagccagttatgtactgcattcatttctcatttgataaccctaatttgtgcctttgctttatatatttt-------tgcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTGTTCTATCTTGTGTTTATGCTTTCAGCCTGTGCCTTGTTCTCTAAAACATGGATTGAAGTCTCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58691276|gb|CK079963.1|CK079963
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCAAATCCGTTCCATGCGTTGTTCTATGTGGTCTT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|58609448|gb|CK037481.1|CK037481
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCAAATCCGTGTCCATGCGTTGTTCTATGTGGTCT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGT-TCCATGCGCTGTTCTATGTGGTAT
EST: gi|27577144|gb|CA999838.1|CA999838
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGC
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGC
EST: gi|58677615|gb|CK066302.1|CK066302
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCAAATCCGTTCCATGCGTTGTTCTATGTGGTCTT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|11442629|gb|BF430532.1|BF430532
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCAAATCCGTTCCATGCGTTGTTCTATGTGGTCTT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|27578160|gb|CB000855.1|CB000855
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|218481280|gb|FG947521.1|FG947521
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|58596248|gb|CK006776.1|CK006776
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTGACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|27576829|gb|CA999523.1|CA999523
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|33679126|gb|CF307365.1|CF307365
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|58676853|gb|CK065540.1|CK065540
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT
EST: gi|58664069|gb|CK052755.1|CK052755
EST:     CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTTCTTGCAAATCCGTTCCATGCGTTGTTCTATGTGGTCTT
genomic: CATTCGGTTCCTGTTGGTGGTCTCGCTTACTATGTAACTGCTCCATCAAGgtgaataatc ... aaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctccattttatgtttctgtttttgttcttacctttcatgtttggaaaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATTCATGCTGTCAGCTTGTGCTCTCTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTATCT
                        ttcttac  putative branch site (score: 2)
     ttttatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaataatcgttatgtttgatgtcatcattgtatccttatggccttgctttttgtttttgtctccattttatgtttctgtttttgttcttacctttcatgtttggaaaccatgcagTTTGGCTGATGTTCTTGCGAATCCGTTCCATGCGCTGTTCTATGTGGTATTCATGCTGTCAGCTTGTGCTCTCTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTATCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG