1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaagggatatagctagctatttttgtcttcgctgtggaaactgcaaatataacataagcctgctgatagcagagctaacaaagtgctatatgcttgattcgtctgtaatttatatgatatcagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCCTCAAATGTCACCTTCCAGTCAAGGAATGTGTTGAGCAAGAAGCTTATGGTGAAGAAGGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g12600.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTGTTGGTGGTGTGGCATTGGCATCTCTTACTGAAGCTTCATTTAACTG GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCCTCAAATGTCACCTTCCAGTCAAGGAAEST: gi|58672784|gb|CK061470.1|CK061470
genomic: ATTGTTGGTGGTGTGGCATTGGCATCTCTTACTGAAGCTTCATTTAACTGgtaagggata ... atgatatcagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCCTCAAATGTCACCTTCCAGTCAAGGAA
EST: ATTGTTGGTGGTGTGGCATTGGCATCTCTTACTGAAGCTTCATTTAACTG GGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCCTCAAATGTCACCTTCCAGTCAAGGAA
genomic: ATTGTTGGTGGTGTGGCATTGGCATCTCTTACTGAAGCTTCATTTAACTGgtaagggata ... atgatatcagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCCTCAAATGTCACCTTCCAGTCAAGGAA
gcagagctaacaaagtgctatatgcttgattcgtctgtaatttatatgatatcagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCCTCAAATGTCACCTTCCAGTCAAGGAATGTGTTGAGCAAGAAGCTTATGGTGAAGAAGGAG
tgtaatttatatgata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagggatatagctagctatttttgtcttcgctgtggaaactgcaaatataacataagcctgctgatagcagagctaacaaagtgctatatgcttgattcgtctgtaatttatatgatatcagGGCTGGATTTTGGAGTGCAATGGCCTCAAATGTCACCTTCCAGTCAAGGAATGTGTTGAGCAAGAAGCTTATGGTGAAGAAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG