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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgtaaaatcttggtggttttgtatgtcgaacaatcgattgtaaacaatgttatatcgactatttatctcattctgatatgttactgcctatatacacagATTGACCTTCGCCGAGCTAATAATTGCGGAATCATGCTAACAAAAGTCAAAATGCCCTTGCCTGACCTAATG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g17820.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11442844|gb|BF430743.1|BF430743
EST:     ATAAGTCAGGAAGTCGTGCATCTGGATCAAAACCAGAAAAGATTCACCTT                         ATTGACCTTCGCCGAGCTAATAATTGCGGAATCATGCTAACAAAAGTCAAA
genomic: ATAAGTCAGGAAGTCGTGCATCTGGATCAAAACCAGAAAAGATTCACCTTgtgagttttt ... atatacacagATTGACCTTCGCCGAGCTAATAATTGCGGAATCATGCTAACAAAAGTCAAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatgttatatcgactatttatctcattctgatatgttactgcctatatacacagATTGACCTTCGCCGAGCTAATAATTGCGGAATCATGCTAACAAAAGTCAAAATGCCCTTGCCTGACCTAATG
                          ttctgat  putative branch site (score: 3)
             actatttat  TA-rich tract