1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaacatgtgctcataacttttaggatatcccctaaaatacaaatatgttttctgtggtgcaaatgacttttctcagaaatgtgcgtatgctttttctcatctttactgtgcgaatggctgaaatggttatgatttcagATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGCTATTGTGAAGAAGAGAATCTTTTTACCAGAGCTATGGTGTTTGAGTATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g49240.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATCCGGGAAGGAATGGTCAAAAGAATGCGAGTCACAGTACAGAAAAAAG ATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGCEST: gi|29677234|gb|CB673509.1|CB673509
genomic: AATCCGGGAAGGAATGGTCAAAAGAATGCGAGTCACAGTACAGAAAAAAGgtaacatgtg ... atgatttcagATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGC
EST: AATCCGGGAAGGAATGGTCAAAAGAATGCGAGTCACAGTACAGAAAAAAG ATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGCEST: gi|29677270|gb|CB673545.1|CB673545
genomic: AATCCGGGAAGGAATGGTCAAAAGAATGCGAGTCACAGTACAGAAAAAAGgtaacatgtg ... atgatttcagATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGC
EST: AATCCGGGAAGGAATGGTCAAAAGAATGCGAGTCACAGTACAGAAAAAAG ATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGC
genomic: AATCCGGGAAGGAATGGTCAAAAGAATGCGAGTCACAGTACAGAAAAAAGgtaacatgtg ... atgatttcagATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGC
cgtatgctttttctcatctttactgtgcgaatggctgaaatggttatgatttcagATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGCTATTGTGAAGAAGAGAATCTTTTTACCAGAGCTATGGTGTTTGAGTATG
ttatgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacatgtgctcataacttttaggatatcccctaaaatacaaatatgttttctgtggtgcaaatgacttttctcagaaatgtgcgtatgctttttctcatctttactgtgcgaatggctgaaatggttatgatttcagATCACAAATTTATCCAAAGTTAGCCATAAGAACTTTATGAATCTGCTCGGCTATTGTGAAGAAGAGAATCTTTTTACCAGAGCTATGGTGTTTGAGTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT