Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagcatagtactgtgaattgtgatttgatgctgtttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g42300.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G153569_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagcatagtactgtgaattgtgatttgatgctgtttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA
                                             | || |    ||   || | ||   ||   || | |  | |   |  || |  | | ||  | |       | || ||      | |  |     ||| |||  |||   ||||| || || ||||| || || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||| ||
---------------------------------------------tattgtttactaaagctatcaaccatg---tggttcaatatctgagatatgaatctctgacttacccagtttagtcac------tgaagtg----catttctaataaccacagGCCCCAGCTGCTGACGAGGATGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGCGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAACGTGCTGCGGCTGCCA

upper sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagcatagtactgtgaattgtgatttgatgctgtttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA
                                                           || ||    |   || | | |     || || ||      ||||     | | | | |   ||   |    | |  |      | |||  |||   ||||| || |  ||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||
---------------------------------------------------------caaccgtatggttcaatatca-gaaaaatgaaacttgtacagttgtacactacttgagttacatagtttagtcactgaaatccattttctaataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACCGAAGATGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGCGTGCTGCAGCTGCCA

upper sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA06G17930.4 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagcatagtactgtgaattgtgatttgatgctgt--ttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA
                                                    ||| |||  | |   |  || ||| ||| | |  || ||  ||  || | |    |  ||||||  |||||   |||| | |   |     |  | |||    |||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||| ||  | || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| || |
----------------------------------------------------gca-agtgttttcc-taatggtttcatgttttcttttcactttgtgtgtcttaactcaaatggt--tggttg--atctttgactgaatgcaacctgttc----ttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTGGATTTGTTCGGTGAAGAGACAGAAGAAGAGAAGAAGGCAGCAGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA

upper sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagca-tagta-ctgtgaattgtgatttgatgctgtttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA
                                          ||||||| |   | |  || |||||| | ||    || |  | ||| || |||  || ||     |  |||  |  || ||   | || | |   |     || | ||    ||||||||| |||  ||||| |||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||| || |
----------------------------------------gcaagtgtttttctaatgataactgtgattggtttcatg-ttttcttttcacattgtgtcttaac--tctaat--tattgcttg--acctttgactgaatgcaatctgtt----tttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAAGAGACTGAGGAAGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA

upper sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G30230.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagcatagtactgtgaattgtgatttgatgctgtttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA
                                                         |||   |  || ||   |      ||||| |  || | ||||||||       ||    |||  |  || ||    |||| |   | | |  |  ||  ||| | |||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| | || ||| ||||||
---------------------------------------------------------gtatgcttgatcgtctct-----atgttttctcataatgtttttgtaaagttgtg-cattggggag-atttc----atatgaatgtgtgtgtt--ttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGGAGACCGAAGAGGAAAAGAAAGCTGCTGAAGAGAGAGCAGCTTCTGTCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8857934|gb|AU095252.1|AU095252
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218483403|gb|FG957310.1|FG957310
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|109974322|gb|DT806845.1|DT806845
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218488272|gb|FG957711.1|FG957711
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTAGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218504669|gb|FG959569.1|FG959569
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|163919727|gb|EG711657.1|EG711657
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218484393|gb|FG946270.1|FG946270
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|33793828|gb|CF322802.1|CF322802
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58672645|gb|CK061331.1|CK061331
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGA
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCT-GCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGA
EST: gi|33680932|gb|CF309171.1|CF309171
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|5667590|gb|AU077850.1|AU077850
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|55410327|gb|CV722703.1|CV722703
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58691236|gb|CK079923.1|CK079923
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218486383|gb|FG949948.1|FG949948
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218487740|gb|FG962547.1|FG962547
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58585610|gb|CF983918.1|CF983918
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAACTTCAACCCCTGATGTAGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATG
EST: gi|33679175|gb|CF307414.1|CF307414
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218490120|gb|FG959263.1|FG959263
EST:     GTCGACAGCTGTGCCTTCAGCTTCAACCCCTGAATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGAGCTTTTGGGTGGG
genomic: GTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGA-TGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218500832|gb|FG957607.1|FG957607
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|3763608|gb|AU030360.1|AU030360
EST:     AGTCGACAGCTG-TCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58604129|gb|CK014657.1|CK014657
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58585628|gb|CF983936.1|CF983936
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218497055|gb|FG946052.1|FG946052
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218487487|gb|FG950696.1|FG950696
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|5667589|gb|AU077849.1|AU077849
EST:     TGTTCCTTCAGCTTCACCCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: TGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218480661|gb|FG956911.1|FG956911
EST:     AGTCGAC-GCTG-T-CTTCA-CTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGAT-ACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58610571|gb|CK038283.1|CK038283
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218481608|gb|FG958672.1|FG958672
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218492263|gb|FG946211.1|FG946211
EST:     GTCGACAGCTGTTCCTTCANCTTCAACCCCTGAATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: GTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTG-ATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218479613|gb|FG956760.1|FG956760
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218481300|gb|FG969692.1|FG969692
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58685071|gb|CK073758.1|CK073758
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTAGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58596563|gb|CK007091.1|CK007091
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58676446|gb|CK065133.1|CK065133
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|163927663|gb|EG710491.1|EG710491
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGA
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGA
EST: gi|58680576|gb|CK069263.1|CK069263
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|86422656|gb|CI060229.1|CI060229
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218505296|gb|FG958824.1|FG958824
EST:     GTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: GTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218499366|gb|FG951061.1|FG951061
EST:     AGTCGACAGCTGTACCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|38470541|gb|CF954672.1|CF954672
EST:     GTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTAGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGT
genomic: GTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCT-GATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGT
EST: gi|29645214|gb|CB650221.1|CB650221
EST:     TCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: TCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218494827|gb|FG945588.1|FG945588
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|33793482|gb|CF322624.1|CF322624
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218502427|gb|FG965006.1|FG965006
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58687056|gb|CK075743.1|CK075743
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|33659429|gb|CF282042.1|CF282042
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58598400|gb|CK008928.1|CK008928
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|55442287|gb|CV734463.1|CV734463
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|38478961|gb|CF963094.1|CF963094
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGGGGCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58603875|gb|CK014403.1|CK014403
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|33806188|gb|CF328974.1|CF328974
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218479067|gb|FG962848.1|FG962848
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|42591762|gb|CK738248.1|CK738248
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|29645213|gb|CB650220.1|CB650220
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218485855|gb|FG956449.1|FG956449
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|33655216|gb|CF277830.1|CF277830
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218501608|gb|FG970643.1|FG970643
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58696285|gb|CK084972.1|CK084972
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|218494225|gb|FG955538.1|FG955538
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTATGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58691095|gb|CK079782.1|CK079782
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|58609286|gb|CK037319.1|CK037319
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|88312714|gb|CI587622.1|CI587622
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATG
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATG
EST: gi|88360243|gb|CI611962.1|CI611962
EST:     AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAG                         GCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGA
genomic: AGTCGACAGCTGTTCCTTCAGCTTCAACCCCTGATGTTGCTGATGCAAAGgtcatacaac ... ctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA
                                           ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                       tatcttct  CT-rich tract
                          taatatatcatcatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagcatagtactgtgaattgtgatttgatgctgtttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT