Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g41750.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
----gtactctcatgcaaaacgaaagctg-tatggttttgcttgga-----ttcctgctct---atttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
    |  | | | | | ||  | || |   |     |||  || ||     ||| || | |   || | | |||| ||  ||  || | |  ||   |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||| | || ||||
gtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgtt-ttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGTCATCCTGTCAACCTATACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
  |  | | ||| |   | ||   ||||| | |||   |       || | |  || |  ||||  ||| |   |||  |    ||||| ||||| ||||| || || || |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
gtttgttttatggactcctaatattgtattgctttatgtaa-----tggtttggttgta-attg--ttgtttgacttgag----cagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATACATGATTTCTTCTGGACAACCTGTCAAGGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G33240.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
  |  | | ||| |   | |    ||||| |||||   |       || | | ||| |  ||||  ||| |   |||  |    ||||| ||||| ||||| || || || |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  | || || ||    || ||||
gtttgttttatggaggcctattattgtattgttttatgtaa-----tggtttttttgta-attg--ttgtttgacttgag----cagGTCATTGTTAGTGGAAAACTGAGAGCTCAGAGAGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGATGGATATATGATTTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctcta-tttatgtattgatttgctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
||    ||| |  ||  ||      | ||   ||| |   |||   |   |  ||| | |  || |||   ||| |||| |||   ||||| ||||||||||| ||  | || || ||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
gtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagttg-tgatattgtggtgttgctttgtatgatggttt-tggttgtttgctttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGTTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgattt--gctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
      |  || | ||  ||   || |   ||||   || ||| |||   ||| ||||  ||| ||     || | ||||  ||   ||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||  | || || ||    || ||||
----gtttgtgtagaagcaactttgaactctttt---tgtatttctg---tatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
--gtactctcatgcaa-aacgaaagctgtatggttttgct--tggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
   |  ||||  | |   ||    | | || | || || |  |||  |  ||||    || |||  || |||   ||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||  | || || ||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
gtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgct----ttgtgtgatggttt-tggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctg-tatggttttgcttggattcctgctcta-tttatgtattgatttgctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
||  | |  |||| || | |    | | ||   ||  |   |||   |   |  ||| |||  || |||   ||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||  | || || ||| | || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||    || ||||
gt-ttgttctgcagaagggacttgggtttgaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttt-tggttgtttggtttgagcagGTCATTGTGAGTGGAAAATTGAGAGCCCAGAGAGCCAAATCTATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGGCAACCTGTCAAAGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv18s0001g11660.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
----gtactctcatgc--aaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgt-attgatttgct-gttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
    | |   |  |||  | || |  | |  || ||  ||   |       |||||       || | |    | |  | |  ||||   ||  | ||| |||           || || |     ||  || |    |  |   ||||| |   |  | |||     |||  | | |  |     |  |    
gtgtggagctttgtgctgagaaagttaacaataggggctt--ctatgccattgctcaggcagagtcactacgatacaagCTTCTTGGAGGACTTGCTATGGTGT--------TCTAAGGTTTGTTATGGAAAGT----GGGGCGAAAGGATGTG-AAGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTTGTGCTCAGCGTGC--

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctattt-atgtattgatttg------ctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                      || ||  | ||| | ||  ||| |   | |||| ||||    | |||      ||  ||| |  | | |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || || |||||||| ||||| || |||||||| || |||||| | ||||||||    || ||||
----------------gtttgtctatagagctttccatgttttcatctaccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTCCGTGCTCAGCGTGCCAAGTCAATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATCTCCTCTGGTCAACCTGTTAAGGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-----------gtactctcatgcaaa-acgaaagctgtatggttttgctt--------ggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttg----gtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
               | || |||||   | |     |    ||| || |          || |   ||| ||| |  |  || ||||| | |  |||      |||  |||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||| | ||||| ||    || || |
gtttgtttaaaactgtttcttgcaattgctactatcgcccagttctgttctagaagtgagaataaagctttatattggattttatttgatttcattttccacatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTAAGGATGGATACATGATATCCTCGGGTCAGCCTGTCAAAGAATACATCG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggttta-cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
||     |||   || |        |   | |||   |  ||   |     | |||||| ||    |||| ||  |  |  || ||||| ||||| ||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| | || || ||    |||||||
gtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttt-tatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATATCTTCTGGTCAGCCAGTCAAGGAATATATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
----gtactctcatgcaaaacgaa-agctgtatggttttg---cttggattcctgctctatttatgtattgat-------ttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
     | ||||  |      | |  | ||||   |         ||  | |  |  | || |||  |    ||       |||||||   |||||  ||||||||||||||| || |||||  | ||    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||    ||||| |||   || || |
acatcttctctagtatgcggcaagtatctgtcaagcaaaaaactttacaatttttttttaattaaatgcaaatgatctcgttgctgtatgttggta-acagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------------------gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttg--gattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                   | | ||  | ||    |||   || | | | |||  ||  ||||| | || | | ||   |||  ||||  | |    |  | |||||| || |||||||| |||||| | ||    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    ||||| |||   || ||||
aattgagctttagcactgcttcactgttacatctggaagattgcaggatattgtatgtagattcat-ctttgtcta---attagtttgtgggtggcgg--tcacagGTGATAGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCAAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATATCATCTGGAAGCCCTGTCAACGACTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-------------gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttt-tgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
             | | |     |    | || | | | ||  ||| || ||   |   |||     || |||   ||| |       ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||  | ||     | || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||    ||||| ||    || || |
tcctttttctcatggagtagtgcgtctgaagacacccgaatactttctggttaagtaggtgcaagcattgtgtgacgatgttagcgggtttggcttgcagGTCATTGTCAGTGGCAAGCTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGACGGCTACATGATTTCATCCGGAAGCCCTGTCAATGATTACATCG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
--gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgct-----ctatttatgtattgatttgc-tgttctttggt-------ttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
  | | | | |    |||   | | |||  | |   | ||| | | ||          |  |||   ||| |   | | |||  | ||       || ||||| || || ||||| |||||  | ||    ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||    ||||| |||   || ||||
atggagtttgaactgaaatatatgatgtg-gttaacgtttgtactactatcagttatcagctatcagttgctcaacgtattccatcgtgtgacggttgcagGTGATCGTAAGTGGAAAGCTGCGCGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGACGGCTATATGATTTCATCAGGAAGCCCTGTCAACGATTACATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ31038 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                        ||||||     ||        |   || || | ||  | | ||  |          || ||||| |||||||| || |||||  | || || || || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||    || || |||  ||  || |
------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttgtaactttattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATCG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ34304 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                        ||||||     ||        |   || || | ||  | | ||  |          || ||||| |||||||| || |||||  | || || || || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||    || || |||  ||  ||||
------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttgtaacttcattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ34676 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                        ||||||     ||        |   || || | ||  | | ||  |          || ||||| |||||||| || |||||  | || || || || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||    || || |||  ||  ||||
------------------------gtatggacgaactctcggcattttgctcttcaggttgtaactttattcctggctcctttcagGTGATTGTGAGCGGCAAGCTCCGAGCCCAACGCGCCAAGTCGATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATCTCGTCTGGCAGCCCCGTGAACGAGTTCATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88994541|gb|CI117693.1|CI117693
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|33661397|gb|CF292364.1|CF292364
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86599610|gb|CI253595.1|CI253595
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88983289|gb|CI028526.1|CI028526
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206709|gb|CI206558.1|CI206558
EST:     GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86823017|gb|CI253952.1|CI253952
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|55431604|gb|CV728818.1|CV728818
EST:     TGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206060|gb|CI205909.1|CI205909
EST:     GGTGCTAAGGTCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88209932|gb|CI209781.1|CI209781
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|3759681|gb|C96939.1|C96939
EST:     GCTATGGTGTGCCCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTNCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|218502938|gb|FG945478.1|FG945478
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTT
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTT
EST: gi|88955442|gb|CI091534.1|CI091534
EST:     AAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|87015933|gb|CI279685.1|CI279685
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86416739|gb|CI030750.1|CI030750
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86545284|gb|CI185490.1|CI185490
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88216637|gb|CI214737.1|CI214737
EST:     AGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88907969|gb|CI090565.1|CI090565
EST:     TAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86824581|gb|CI264913.1|CI264913
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88237411|gb|CI237260.1|CI237260
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86546712|gb|CI186918.1|CI186918
EST:     AAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|218493198|gb|FG958057.1|FG958057
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86501649|gb|CI144282.1|CI144282
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|11443003|gb|BF430890.1|BF430890
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|58676042|gb|CK064729.1|CK064729
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86416691|gb|CI030702.1|CI030702
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88237087|gb|CI236936.1|CI236936
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88828939|gb|CI073809.1|CI073809
EST:     TTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88962995|gb|CI025481.1|CI025481
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88982856|gb|CI028269.1|CI028269
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86532591|gb|CI172797.1|CI172797
EST:     GTTTGTTATGGAAAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206670|gb|CI206519.1|CI206519
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88216681|gb|CI214781.1|CI214781
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206737|gb|CI206586.1|CI206586
EST:     GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|25801300|gb|CA757261.1|CA757261
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|2280569|gb|C25064.1|C25064
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTNAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88209026|gb|CI208875.1|CI208875
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88242074|gb|CI241923.1|CI241923
EST:     GCTATGTTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|38477659|gb|CF961792.1|CF961792
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|218492225|gb|FG955391.1|FG955391
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86510759|gb|CI153392.1|CI153392
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88995801|gb|CI037144.1|CI037144
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG
                           tattgat  putative branch site (score: 3)
                                     ctgttcttt  putative PPT
                   tatttatgtattgatt  TA-rich tract