1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaatttgtgcagcccataatcccttatttgaatgcttgttctgcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGCTGAAGCAAGACAAGTGCTGATGTTCAGCTCTGACAAAGAATTGCACCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g25420.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAEST: gi|58681161|gb|CK069848.1|CK069848
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAA
EST: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGCEST: gi|568649|gb|D39498.1|D39498
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG AGATGAACTNGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGCEST: gi|58586987|gb|CF985295.1|CF985295
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGCEST: gi|218495940|gb|FG948496.1|FG948496
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGCEST: gi|2443022|gb|C74793.1|C74793
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: CCCCACGGAACATATGTGTACNTCATGGATCTTCTGGCCCAAACAGTCNG AGATGA-CTGGCTGGTT
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTT
ttaaaatttgtgcagcccataatcccttatttgaatgcttgttctgcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGCTGAAGCAAGACAAGTGCTGATGTTCAGCTCTGACAAAGAATTGCACCAG
ttatttgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaatttgtgcagcccataatcccttatttgaatgcttgttctgcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGCTGAAGCAAGACAAGTGCTGATGTTCAGCTCTGACAAAGAATTGCACCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA