1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...accaaattttgggctatttctgtattattgtcttctcaatggtgatcatactgttacataacaatcttgcatttatctgttctaatggctacctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTGTCACTGTTCCTTTGAGAGATGAATTCCTTGAAAATGCTCGTCTGTTTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g12110.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|29688863|gb|CB685138.1|CB685138
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|3763416|gb|AU030168.1|AU030168
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTACCTATGA-TTTGATGGTGCACAACAGAACCTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGACCCTTCCCTTGGAAAGCGCCATTGAGGAAGGGAATTTEST: gi|218502388|gb|FG960205.1|FG960205
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCG-CATTGAGGAAGGGAATTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACTACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|86858778|gb|CI275039.1|CI275039
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: AACAGAAACTCATAGAGTGTGACCAG GTCATATTGAAGGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|58602782|gb|CK013310.1|CK013310
genomic: AACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATNGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|218481869|gb|FG961133.1|FG961133
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGEST: gi|29630665|gb|CB635674.1|CB635674
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTG
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|58671192|gb|CK059878.1|CK059878
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|29688864|gb|CB685139.1|CB685139
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|29682306|gb|CB678581.1|CB678581
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTGGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATCGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|58676370|gb|CK065057.1|CK065057
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|4968805|gb|AU065709.1|AU065709
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACNACAGANACTCATAGAGTGTGAGCAG GGTNATATTGAATGATEST: gi|29617590|gb|CB622602.1|CB622602
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagG-TCATATTGAATGAT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|29628321|gb|CB633332.1|CB633332
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|33794202|gb|CF322991.1|CF322991
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTEST: gi|218491612|gb|FG958894.1|FG958894
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAA
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAA
tcatactgttacataacaatcttgcatttatctgttctaatggctacctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTGTCACTGTTCCTTTGAGAGATGAATTCCTTGAAAATGCTCGTCTGTTTA
ttctaat putative branch site (score: 94)
ctaccttt putative PPT
ttacataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| accaaattttgggctatttctgtattattgtcttctcaatggtgatcatactgttacataacaatcttgcatttatctgttctaatggctacctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTGTCACTGTTCCTTTGAGAGATGAATTCCTTGAAAATGCTCGTCTGTTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
accaaat
- - - - - - - - -ttctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cataacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcttgca