Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...accaaattttgggctatttctgtattattgtcttctcaatggtgatcatactgttacataacaatcttgcatttatctgttctaatggctacctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTGTCACTGTTCCTTTGAGAGATGAATTCCTTGAAAATGCTCGTCTGTTTA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g12110.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g12110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G57290.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
accaaattttgggctatttctgtattattgtcttctcaatggtgatcatactgttacataacaatcttgcatttatctgttctaatggct-acctt--tgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTGTCACTGTTCCTTTGAGAGATGAATTCCTTGAAAATGCTCGTCTGTTTA
| | | | ||| | |||| | || |||| | | | ||| | | | | | |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||| || || ||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||| || || ||
-----------------------gtaactcatccacatgtatagatatttttgtttgtgcagaactgtgcaatcaa-tactctgacattttaacatgatgtagGTCATTGTGAATGATCCATTCCTTGGCAAGCGAGTTGAGGATGGAAACTTTTCAACTGTACCACTGAGAGATGAATTTCTTGAAAATGCCCGCCTATTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218479043|gb|FG955974.1|FG955974
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|29688863|gb|CB685138.1|CB685138
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|3763416|gb|AU030168.1|AU030168
EST:     TTACCTATGA-TTTGATGGTGCACAACAGAACCTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGACCCTTCCCTTGGAAAGCGCCATTGAGGAAGGGAATTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCG-CATTGAGGAAGGGAATTT
EST: gi|218502388|gb|FG960205.1|FG960205
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACTACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|86858778|gb|CI275039.1|CI275039
EST:     AACAGAAACTCATAGAGTGTGACCAG                         GTCATATTGAAGGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: AACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|58602782|gb|CK013310.1|CK013310
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATNGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|218481869|gb|FG961133.1|FG961133
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTG
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTG
EST: gi|29630665|gb|CB635674.1|CB635674
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|58671192|gb|CK059878.1|CK059878
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|29688864|gb|CB685139.1|CB685139
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|29682306|gb|CB678581.1|CB678581
EST:     TTAACTATGATTTGGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATCGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|58676370|gb|CK065057.1|CK065057
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|4968805|gb|AU065709.1|AU065709
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACNACAGANACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GGTNATATTGAATGAT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagG-TCATATTGAATGAT
EST: gi|29617590|gb|CB622602.1|CB622602
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|29628321|gb|CB633332.1|CB633332
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|33794202|gb|CF322991.1|CF322991
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTT
EST: gi|218491612|gb|FG958894.1|FG958894
EST:     TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAG                         GTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAA
genomic: TTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 65 (downstream exon)
Score: 94

GCAGCACAGCTACAAGGATCCCATCACTGAATTCTTGGAATGCTTGTATGTTAACTATGATTTTGATGGTGCACAACAGAAACTCATAGAGTGTGAGCAGgtatgttagc ... acctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTGTCACTGTTCCTTTGAGAGATGAATTCCTTGAAAATGCTCGTCTGTTTA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatactgttacataacaatcttgcatttatctgttctaatggctacctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTGTCACTGTTCCTTTGAGAGATGAATTCCTTGAAAATGCTCGTCTGTTTA
                                  ttctaat  putative branch site (score: 94)
 ctaccttt  putative PPT
 ttacataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
accaaattttgggctatttctgtattattgtcttctcaatggtgatcatactgttacataacaatcttgcatttatctgttctaatggctacctttgtagGTCATATTGAATGATCCTTTCCTTGGAAAGCGCATTGAGGAAGGGAATTTTGTCACTGTTCCTTTGAGAGATGAATTCCTTGAAAATGCTCGTCTGTTTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
accaaat
- - - - - - - - -ttctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cataacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcttgca