1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...attggactattctgaaaatctgtttgacatgtttctgttattccttctattacgtgcttcatatctatagtaatattaatttcccttttgttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCTCTGCTACAATGCCCCCTGAGGCCCTTGAGATCACCCGTAAATTCATGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g48750.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29681409|gb|CB677684.1|CB677684
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATTAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|58692318|gb|CK081005.1|CK081005
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCEST: gi|24208678|gb|AU225705.1|AU225705
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCC
EST: TGTCCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|87006057|gb|CI289474.1|CI289474
genomic: TGT-CCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29617450|gb|CB622462.1|CB622462
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|286922|gb|D15729.1|D15729
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|86847337|gb|CI286943.1|CI286943
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|58678446|gb|CK067133.1|CK067133
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCACCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29618198|gb|CB623210.1|CB623210
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|218485038|gb|FG946136.1|FG946136
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|58694481|gb|CK083168.1|CK083168
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|58693858|gb|CK082545.1|CK082545
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCEST: gi|58601375|gb|CK011903.1|CK011903
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATGGATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|428338|gb|D24486.1|D24486
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29666501|gb|CB662776.1|CB662776
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTEST: gi|29681779|gb|CB678054.1|CB678054
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTT
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAGGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|218489120|gb|FG943252.1|FG943252
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29657788|gb|CB654063.1|CB654063
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTEST: gi|29617425|gb|CB622437.1|CB622437
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTT
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29629120|gb|CB634131.1|CB634131
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|11026114|gb|AU162715.1|AU162715
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|58671206|gb|CK059892.1|CK059892
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TGTCCTNTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|112785749|gb|EE591334.1|EE591334
genomic: TGTCCT-TGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTCGGTGTGTTCEST: gi|24208751|gb|AU225778.1|AU225778
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|218485778|gb|FG945164.1|FG945164
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29683861|gb|CB680136.1|CB680136
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29687377|gb|CB683652.1|CB683652
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCEST: gi|86905848|gb|CI290982.1|CI290982
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|86876688|gb|CI309607.1|CI309607
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTEST: gi|218505330|gb|FG967998.1|FG967998
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGT
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|218502969|gb|FG969854.1|FG969854
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|218504133|gb|FG945009.1|FG945009
genomic: TGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTC-GTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|87006066|gb|CI289483.1|CI289483
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29664636|gb|CB660911.1|CB660911
genomic: TGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCEST: gi|29666236|gb|CB662511.1|CB662511
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAC ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCEST: gi|29666235|gb|CB662510.1|CB662510
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTC
EST: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
tctattacgtgcttcatatctatagtaatattaatttcccttttgttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCTCTGCTACAATGCCCCCTGAGGCCCTTGAGATCACCCGTAAATTCATGA
tattaat putative branch site (score: 40)
tttcccttttgttatt CT-rich tract
ttcatatctatagtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attggactattctgaaaatctgtttgacatgtttctgttattccttctattacgtgcttcatatctatagtaatattaatttcccttttgttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCTCTGCTACAATGCCCCCTGAGGCCCTTGAGATCACCCGTAAATTCATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - attctga
- - - - - - - - - -ctgtttg
- - - - - - - - - - - - - acatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - -tctgtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcttc