Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgtgatactgagtacacactttatgtcttttgctgaatcaactggatcttactgaaggcactatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTTTTGTCATTAATCACCAGATTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g47350.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29681086|gb|CB677361.1|CB677361
EST:     CTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: CTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29656148|gb|CB652423.1|CB652423
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29636778|gb|CB641787.1|CB641787
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29676742|gb|CB673017.1|CB673017
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|58598402|gb|CK008930.1|CK008930
EST:     ACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACAATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: ACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29676281|gb|CB672556.1|CB672556
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCCTGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACCGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29678964|gb|CB675239.1|CB675239
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29624118|gb|CB629129.1|CB629129
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACAATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29685786|gb|CB682061.1|CB682061
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cactttatgtcttttgctgaatcaactggatcttactgaaggcactatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTTTTGTCATTAATCACCAGATTG
                             atcttac  putative branch site (score: 3)
                                            ctatttttc  putative PPT
                                           actattttt  TA-rich tract